View Item 
      •   IPB Repository
      • Dissertations and Theses
      • Undergraduate Theses
      • UT - Faculty of Mathematics and Natural Sciences
      • UT - Computer Science
      • View Item
      •   IPB Repository
      • Dissertations and Theses
      • Undergraduate Theses
      • UT - Faculty of Mathematics and Natural Sciences
      • UT - Computer Science
      • View Item
      JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

      Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) pada Genom Kedelai Menggunakan Algoritme C5.0

      No Thumbnail [100%x80]
      View/Open
      Fulltext (8.451Mb)
      Date
      2018
      Author
      Kamelina, Sita Nabila
      Hasibuan, Lailan Sahrina
      Metadata
      Show full item record
      Abstract
      Teknologi sequencing DNA mampu melakukan sequencing secara mudah dan cepat, sehingga dapat menghasilkan data sequencing dalam ukuran yang sangat besar. Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) pada data sequencing DNA merupakan masalah yang kompleks karena ukuran data yang digunakan sangat besar dan banyaknya error pada tahap sequecing itu sendiri. Salah satu dampak error pada proses sequencing DNA adalah banyaknya polimorfisme palsu. Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengidentifikasi SNP menggunakan algoritme C5.0 dan menganalisis fitur-fitur yang terbaik dalam proses identifikasi SNP. Data yang digunakan adalah data whole-genome dari kedelai budidaya (Glycine max [L.] Merr.) yang disekuens dengan teknologi Next-Generation Sequecing (NGS). Tahap pemodelan dan pengujian menggunakan data latih Gm11 dan data uji Gm16. Algoritme C5.0 mampu mengklasifikasikan kelas true dengan sensitivity sebesar 0.58 dan precision sebesar 0.67 yang berarti banyak terdapat false positive, dan kemampuan model klasifikasi SNP dengan benar dengan f-measure sebesar 0.62.
      URI
      http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/93687
      Collections
      • UT - Computer Science [2337]

      Copyright © 2020 Library of IPB University
      All rights reserved
      Contact Us | Send Feedback
      Indonesia DSpace Group 
      IPB University Scientific Repository
      UIN Syarif Hidayatullah Institutional Repository
      Universitas Jember Digital Repository
        

       

      Browse

      All of IPB RepositoryCollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjects

      My Account

      Login

      Application

      google store

      Copyright © 2020 Library of IPB University
      All rights reserved
      Contact Us | Send Feedback
      Indonesia DSpace Group 
      IPB University Scientific Repository
      UIN Syarif Hidayatullah Institutional Repository
      Universitas Jember Digital Repository
        

       

      NoThumbnail