Desain Primer dan Identifikasi SNP 5’UTR Gen Calpastatin pada Sapi Bali.

Abstract

Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan primer spesifik 5’UTR gen calpastatin (CAST) pada sapi bali dan mengidentifikasi keragaman (SNP) 5’UTR gen CAST pada sapi bali (Bos javanicus) menggunakan teknik partial sekuensing. Sebanyak 25 ekor sapi bali dianalisis berasal dari Balai Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak Denpasar (BPTU-HPT Denpasar). Primer dirancang menggunakan program Primer 3, Multiple Primer Analyzer dan Primer Stat. Data sekuensing dianalisis menggunakan program BLAST, FinchTV, dan MEGA7. Primer forward dan reverse dirancang berdasarkan GenBank: AH014526.2 adalah 5’-AGG GTG TGA GTT GCA AAC AG-3’ dan 5’-GAA GGC CAG GAA GGC TAA C-3’. Ada 2 mutasi transversi yang ditemukan yakni g.921C>T dan g.922T>G. Fragmen 5’UTR gen CAST (158 pb) tidak memiliki variasi pada daerah ini, sehingga nilai heterosigositas dan keseimbangan Hardy-Weinberg tidak dapat dihitung. SNP g.921C>T dan SNP g.922T>G dapat dijadikan sebagai kandidat marker assisted selection (MAS) untuk sifat kualitas daging pada sapi bali.