Deteksi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Burkholderia glumae dalam Benih Padi Varietas Unggul, Lokal, dan Hibrida
Abstract
Bakteri Burkholderia glumae adalah patogen terbawa benih yang
menyebabkan penyakit busuk bulir padi. Bakteri ini menjadi penyebab dari
penyakit yang baru meningkat kembali statusnya di beberapa negara penanam
padi, termasuk Indonesia. Bakteri ini merupakan patogen yang terbawa benih
padi, sehingga ketika benih terinfeksi ditanam, tanaman padi yang tumbuh telah
mulai terinfeksi sejak masih sangat dini. Deteksi dan identifikasi B. glumae
diperlukan dalam pengambilan keputusan untuk strategi pengendalian lebih awal
dan tepat. Deteksi dan identifikasi secara molekuler perlu diaplikasikan untuk B.
glumae dalam benih padi mengingat tingkat sensitifitas, akurasi dan efisiensinya
yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan deteksi dan identifikasi B.
glumae secara molekuler dalam benih padi berbagai varietas baik unggul, lokal,
dan hibrida yang diperoleh dari Pulau Jawa. Isolasi bakteri dari 25 varietas benih
padi dilakukan pada media selektif untuk B. glumae, sucrose phosphate glutamate
(S-PG). Sebanyak 15 isolat bakteri terduga B. glumae dari 15 varietas padi
menunjukkan kemiripan morfologi dengan karakter spesifik koloni tipe A dari B.
glumae pada media S-PG. Deteksi PCR dilakukan dengan primer 1418S dan
1418A yang spesifik mengamplifikasi wilayah sikuen insersi IS1418 dari B.
glumae. Hasil PCR menunjukkan bahwa dari 15 isolat bakteri dengan ciri koloni
spesifik B. glumae tipe A, 13 isolat terdeteksi positif sebagai bakteri B. glumae
dengan terbentuknya ukuran pita DNA berukuran 572 pb. Analisis nukleotida gen
16S rRNA hasil sekuensing dari produk PCR menggunakan pasangan primer 27F
dan 1429R dilakukan terhadap isolat-isolat positif B. glumae yaitu BCI11 asal
varietas Pandan Wangi Cianjur, BKL14 asal varietas IR-64 Klaten, dan BGE24
asal varietas Hibrida 2 Gresik. Isolat BCI11, BKL14 dan BGE24 menunjukkan
homologi berturut-turut sebesar 97%, 85%, dan 65% dengan isolat B. glumae
yang tersedia dalam pangkalan data GenBank berdasarkan uji BLAST sikuen
nukleotida gen 16S rRNA. Secara filogenetika, isolat BCI11 dan BKL11 berada
di dalam kelompok yang sama dengan isolat B.glumae dari negara lain yaitu
Thailand, Jepang, Cina, Timor Timur, Korea Selatan, India, Amerika Selatan, dan
Panama.
Collections
- UT - Plant Protection [2438]