View Item 
      •   IPB Repository
      • Dissertations and Theses
      • Undergraduate Theses
      • UT - Faculty of Agriculture
      • UT - Plant Protection
      • View Item
      •   IPB Repository
      • Dissertations and Theses
      • Undergraduate Theses
      • UT - Faculty of Agriculture
      • UT - Plant Protection
      • View Item
      JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

      Deteksi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Burkholderia glumae dalam Benih Padi Varietas Unggul, Lokal, dan Hibrida

      No Thumbnail [100%x80]
      View/Open
      Fulltext (12.04Mb)
      Date
      2018
      Author
      Yolanda, Tri Ungky
      Mutaqin, Kikin Hamzah
      Metadata
      Show full item record
      Abstract
      Bakteri Burkholderia glumae adalah patogen terbawa benih yang menyebabkan penyakit busuk bulir padi. Bakteri ini menjadi penyebab dari penyakit yang baru meningkat kembali statusnya di beberapa negara penanam padi, termasuk Indonesia. Bakteri ini merupakan patogen yang terbawa benih padi, sehingga ketika benih terinfeksi ditanam, tanaman padi yang tumbuh telah mulai terinfeksi sejak masih sangat dini. Deteksi dan identifikasi B. glumae diperlukan dalam pengambilan keputusan untuk strategi pengendalian lebih awal dan tepat. Deteksi dan identifikasi secara molekuler perlu diaplikasikan untuk B. glumae dalam benih padi mengingat tingkat sensitifitas, akurasi dan efisiensinya yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan deteksi dan identifikasi B. glumae secara molekuler dalam benih padi berbagai varietas baik unggul, lokal, dan hibrida yang diperoleh dari Pulau Jawa. Isolasi bakteri dari 25 varietas benih padi dilakukan pada media selektif untuk B. glumae, sucrose phosphate glutamate (S-PG). Sebanyak 15 isolat bakteri terduga B. glumae dari 15 varietas padi menunjukkan kemiripan morfologi dengan karakter spesifik koloni tipe A dari B. glumae pada media S-PG. Deteksi PCR dilakukan dengan primer 1418S dan 1418A yang spesifik mengamplifikasi wilayah sikuen insersi IS1418 dari B. glumae. Hasil PCR menunjukkan bahwa dari 15 isolat bakteri dengan ciri koloni spesifik B. glumae tipe A, 13 isolat terdeteksi positif sebagai bakteri B. glumae dengan terbentuknya ukuran pita DNA berukuran 572 pb. Analisis nukleotida gen 16S rRNA hasil sekuensing dari produk PCR menggunakan pasangan primer 27F dan 1429R dilakukan terhadap isolat-isolat positif B. glumae yaitu BCI11 asal varietas Pandan Wangi Cianjur, BKL14 asal varietas IR-64 Klaten, dan BGE24 asal varietas Hibrida 2 Gresik. Isolat BCI11, BKL14 dan BGE24 menunjukkan homologi berturut-turut sebesar 97%, 85%, dan 65% dengan isolat B. glumae yang tersedia dalam pangkalan data GenBank berdasarkan uji BLAST sikuen nukleotida gen 16S rRNA. Secara filogenetika, isolat BCI11 dan BKL11 berada di dalam kelompok yang sama dengan isolat B.glumae dari negara lain yaitu Thailand, Jepang, Cina, Timor Timur, Korea Selatan, India, Amerika Selatan, dan Panama.
      URI
      http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/93223
      Collections
      • UT - Plant Protection [2439]

      Copyright © 2020 Library of IPB University
      All rights reserved
      Contact Us | Send Feedback
      Indonesia DSpace Group 
      IPB University Scientific Repository
      UIN Syarif Hidayatullah Institutional Repository
      Universitas Jember Digital Repository
        

       

      Browse

      All of IPB RepositoryCollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjects

      My Account

      Login

      Application

      google store

      Copyright © 2020 Library of IPB University
      All rights reserved
      Contact Us | Send Feedback
      Indonesia DSpace Group 
      IPB University Scientific Repository
      UIN Syarif Hidayatullah Institutional Repository
      Universitas Jember Digital Repository
        

       

      NoThumbnail