Deteksi dan Identifikasi Endobakteri dalam Hifa Rhizopus spp.

Abstract

Banyak spesies Rhizopus (Rhizopodaceae, Mucorales) digunakan sebagai agens bio-industri. Laporan adanya endobakteri pada R. microsporus yang memproduksi toksin mendorong munculnya gagasan bahwa Rhizopus spp. agens bio-industri harus bersifat aman. Keamanan Rhizopus inokulan tempe berdasarkan keberadaan endobakteri belum diketahui. Oleh sebab itu, keberadaan endobakteri pada 7 strain Rhizopus spp. asal tempe, dan 4 strain Rhizopus spp. asal substrat lainnya diteliti. Satu strain Rhizopodopsis javensis dan satu strain Escherichia coli digunakan berturut-turut sebagai kontrol negatif dan kontrol positif. Keberadaan endobakteri dideteksi dengan dua cara, yaitu secara molekuler dan pewarnaan. Deteksi secara molekuler menggunakan metode PCR 16S rDNA dengan primer 10F dan 1541R. Konfirmasi dilakukan dengan pewarnaan LIVE/DEAD® Bacterial Viability Kit. Bakteri diidentifikasi secara molekuler melalui pendekatan filogenetik, berdasarkan metode Neighbour-Joining dan model p-distance pada MEGA 6 dengan endobakteri pada Mortierella elongata sebagai outgroup. Hasil penelitian menunjukkan satu kultur, R. microsporus IPBCC 13.1131 asal tempe dari Cilacap, Jawa Tengah, mengandung endobakteri. Adanya endobakteri terkonfirmasi dengan munculnya pendaran merah dan hijau dalam hifa, namun tidak ada endobakteri yang terdeteksi pada spora. Endobakteri ini diidentifikasi sebagai Curtobacterium sp. Adanya endobakteri Curtobacterium pada R. microsporus pertama kali dilaporkan. Metode deteksi ini dapat diusulkan menjadi salah satu prosedur jaminan mutu kualitas Rhizopus spp. agens bio-industri.