Isolasi dan Karakterisasi Gen Parsial Penyandi Protein Struktural VP26 White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei) di Kabupaten Bone Sulawesi Selatan

Abstract

Gen penyandi protein struktural Viral Protein-26 (VP26) merupakan protein tegument yang berperan sebagai penghubung molekul antara envelope dan nukleokapsid dari WSSV. VP26 diduga berperan membantu protein nukleokapsid menuju nukleus melalui interaksi actin atau cellular actin-binding proteins pada infeksi White Spot Syndrome Virus (WSSV). Tujuan penelitian ini untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasi gen penyandi protein struktural VP26 WSSV yang diisolasi dari udang vaname di Kabupaten Bone Propinsi Sulawesi Selatan. Genom DNA WSSV diisolasi dari ekor, kaki renang, dan kaki jalan dari udang vaname menggunakan kit IQ2000 dengan metode ekstraksi Dodecyl Trimethyl Ammonium Bromide/ Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (DTAB-CTAB). Gen tersebut diisolasi dari udang vaname yang positif terserang WSSV menggunakan primer spesifik VP26 dan dilanjutkan dengan pengurutan oligonukleotida VP26. Hasil penelitian menunjukkan bahwa urutan oligonukleotida parsial gen penyandi VP26 WSSV pada udang vaname asal Bone Sulawesi Selatan sepanjang 606 bp. Hasil uji tingkat kesajajaran urutan oligonukleotida parsial gen penyadi VP26 asal Bone Sulawesi Selatan menunjukkan tingkat kemiripan mencapai 99% terhadap urutan oligonukleotida gen penyandi VP26 WSSV pada Litopenaeus vannamei, Litopenaeus japanicus dan Penaeus monodon yang sudah didaftarkan di GenBank.