Aplikasi Uji Multiplex PCR Untuk Deteksi dan Diferensiasi Subspesies Campylobacter fetus Pada Sampel Bilasan Preputium Sapi.

Abstract

Bovine genital campylobacteriosis (BGC) yang disebabkan oleh Campylobacter fetus subsp. venerealis (Cfv) adalah penyakit genital menular yang mengakibatkan turunnya performa reproduksi ternak. Subspecies lain dari C. fetus yaitu C. fetus subsp. fetus (Cff) dapat menyebabkan abortus sporadik pada ternak. Berbeda dengan Cfv, Cff tidak dikaitkan dengan infertilitas ternak. Untuk menghindari kesalahan diagnosa, diperlukan metode untuk membedakan Cfv dan Cff. Metode isolasi dengan kultur memerlukan waktu yang lama dan sulit dalam membedakan Cff dan Cfv karena memiliki fenotip yang hampir sama. Diperlukan pengujian secara molekuler dengan multiplex Polymerase Chain Reaction (mPCR) untuk membedakan kedua subspesies secara simultan dengan waktu yang lebih cepat. Evaluasi dilakukan terhadap sampel bilasan preputium yang di-spike dengan isolat bakteri menggunakan 2 metode ekstraksi (perebusan dan kit komersial), dengan dan tanpa tahapan pengayaan dalam Transport Enrichment Media (TEM). Hasil evaluasi untuk sampel keseluruhan dan yang dikelompokkan adalah metode ekstraksi rebus tanpa TEM dengan sensitivitas/spesifisitas tertinggi sebesar 83.3%/100%. Hasil ini diperkuat dengan analisis regresi Poisson yang menunjukkan perbandingan metode dengan dan tanpa TEM mendapatkan nilai Incidence Rate Ratio (IRR) 1,3 yang artinya tanpa TEM memiliki hasil yang lebih baik sebanyak 30% dibandingkan metode dengan TEM. Perbandingan metode ekstraksi kit dan rebus tidak berbeda nyata karena rasio yang didapat mendekati 1 (IRR 1.029). Dapat disimpulkan bahwa metode ekstraksi yang paling akurat, cepat dan ekonomis adalah perebusan tanpa TEM karena memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi, hanya membutuhkan waktu pengujian kurang dari 24 jam serta tidak membutuhkan kit komersial. Metode ini perlu divalidasi dan diverifikasi dengan sampel lapangan untuk membuktikan bahwa metode sesuai dengan tujuan penggunaannya dan dapat diterapkan di laboratorium. Real time PCR untuk deteksi dan diferensiasi subspesies C. fetus juga perlu dikembangkan dan diteliti lebih lanjut untuk mendapatkan metode yang lebih cepat dan akurat