Perbandingan Dua Metode Isolasi DNA pada 49 Jenis Kayu Tropis
View/ Open
Date
2017Author
Ramdhani, Muhammad Jauhari
Siregar, Iskandar Zulkarnaen
Metadata
Show full item recordAbstract
Keberhasilan ekstraksi DNA (Deoxyribonucleic Acid) sangat penting bagi
proses investigasi genetika kehutanan molekuler. Penggunaan sampel biasanya
berupa organ tanaman hutan yang lunak dan muda karena memiliki sumber DNA
yang bagus. Namun, jenis sampel tersebut tidak dapat diperoleh dalam kasus
tertentu seperti untuk tujuan forensik. Sebagai penggantinya, kayu memiliki potensi
sebagai sumber DNA dimana metode ekstraksinya sudah dikembangkan dengan
berbagai tingkat keberhasilan, akan tetapi pengujian efektifitasnya pada kayu tropis
yang tumbuh di Indonesia belum pernah dilaporkan. Tujuan penelitian ini adalah
untuk membandingkan hasil isolasi DNA dari berbagai jenis sampel kayu kering
dan segar menggunakan dua metode isolasi yaitu Cetyl Trimethyl Ammonium
Bromide (CTAB) dan Qiagen DNeasy Plant Mini Kit (QDPMK). Hasil ekstraksi
divisualisasi dalam gel agarosa, dikuantifikasi menggunakan Nanophotometer
NP80 Implen dan diamplifikasi menggunakan dua primer universal yaitu ITS dan
rbcL. Hasil ekstraksi sampel kayu kering tidak tervisualisasi pada gel sedangkan
sampel kayu segar menunjukkan sapuan (smear) yang cukup tebal untuk kedua
metode ekstraksi. Hasil uji kuantitas menunjukkan bahwa sampel yang diekstraksi
menggunakan metode CTAB memiliki konsentrasi lebih banyak dibandingkan
dengan metode QDPMK pada kedua jenis sampel, namun memiliki nilai optical
density ratios diluar rentang kemurnian (λ260/280 : 1,8 – 2,0 dan λ260/230 : 2,0).
Keberhasilan proses amplifikasi primer ITS dan rbcL pada sampel kering cukup
rendah namun tidak berbeda jauh pada kedua metode. Hasil amplifikasi ITS dan
rbcL pada sampel kayu segar memiliki keberhasilan yang cukup tinggi.
Collections
- UT - Silviculture [1361]