Aplikasi Dna Barcode Untuk Identifikasi Jenis Meranti Dan Rotan
View/Open
Date
2016Author
Rangkuti, Ahmad Baiquni
Siregar, Iskandar Z.
Siregar, Ulfah J.
Metadata
Show full item recordAbstract
Meranti dan rotan merupakan jenis tanaman hutan yang memiliki nilai
ekonomi dan ekologi yang tinggi. Keberadaan kedua spesies ini semakin terancam
karena over-eksploitasi dan perusakan habitat. Upaya yang saat ini dilakukan
untuk melestarikan sumber daya genetik meranti dan rotan sering mengalami
kesulitan terkait dengan identifikasi spesies berdasarkan penanda morfologi. Oleh
karena itu, kesalahan dalam mengidentifikasi spesies akan mempengaruhi
pengadaan bibit berkualitas dalam program pemuliaan. Penanda molekuler,
seperti DNA barcode dapat digunakan sebagai alat pelengkap untuk
mengidentifikasi spesies secara akurat. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk
mengkarakterisasi calon barcode, yaitu matK, rbcL, trnH - psbA, ITS1 dan
kombinasi mereka untuk mengidentifikasi spesies meranti dan rotan dengan
benar. Tiga kriteria yang digunakan untuk diskriminasi spesies, yaitu: i)
perbandingan antara hasil identifikasi morfologi dan molekuler, ii) jarak intra dan
interspesifik untuk mendeteksi barcoding gap, dan iii) pembentukan pohon
filogeni.
Lokus rbcL dan ITS1 memiliki tingkat keberhasilan tertinggi untuk
amplifikasi dan sekuensing, diikuti oleh trnH-psbA dan matK. Penelitian ini
mengungkapkan bahwa setiap kandidat barcode menunjukkan perbedaan dalam
mengidentifikasi jenis. Pada tanaman rotan berhasil diidentifikasi pada level
genus dan famili, sedangkan pada meranti pada level genus dan spesies. Lokus
ITS1 dan kombinasi dari matK + rbcL pada tanaman rotan mampu memisahkan
jarak intra dan interspesifik, akan tetapi tidak membentuk gap. Pada tanaman
meranti trnH – psbA mampu memisahkan jarak intra dan interspesifik akan tetapi
tidak membentuk gap. Selanjutnya, pohon filogeni juga menunjukkan bahwa
setiap calon barcode mampu mendiskriminasikan data sampel penelitian, data dari
GenBank dan out group, kecuali rbcL. ITS1 adalah kandidat barcode terbaik
dalam mengidentifikasi rotan serta trnH – psbA merupakan kandidat barcode
terbaik dalam mengidentifikasi meranti.
Collections
- MT - Forestry [1445]