Keragaman Mikrosatelit DNA Sapi Perah Friesian-Holstein di Balai Pembibitan Ternak Unggul Baturaden

Abstract

Eight microsatellite loci of which the locations were three on chromosome 6 (BTA6) namely CSN 3, BM 143 and BM 415; two on chromosome 9 (BTA9) namely ETH 225 and BM 4208; and three on chromosome 10 (BTA10) namely BP 31, BM 1237 and BM 888 were used to investigate genotypic variation of Holstein-Friesian (HF) dairy cows in Baturraden Dairy Cattle Breeding Centre. Research activities were carried out through some steps involving blood collection, DNA isolation, amplification on DNA fragments by polymerase chain reaction (PCR) and separation by electrophoresis with silver staining. Frequency and heterozygosity of genes under consideration were calculated. The results showed that the eight microsatellite loci exhibited a total number of 33 alleles. Locations of those alleles were five in BM 143 and BM 4208 loci; four in BM 415, CSN 3, ETH 225, BM 1237, BM 888 loci; and three in BP 31 locus. A number of 14 out of 33 alleles might be specific alleles for HF dairy cattle in Baturraden Dairy Cattle Breeding Centre. The lowest heterozygosity per locus (ĥ) was 0.6151 for BM 415 whilst the highest one was 0.7301 for BM 888. Additionally, the average heterozygosity for all loci (Ĥ) detected in this study was 0.6768. The genotype BB on locus BM 143 and AC on locus CSN-3 significantly affected (P<0.05) the estimated breeding value of milk yield of HF cows in this location.

Delapan lokus mikrosatelit yang mana tiga terletak pada kromosom 6 (BTA6) yaitu CSN 3, BM 143 dan BM 415; dua pada kromosom 9 (BTA9) yaitu lokus ETH 225 dan BM 4208; dan tiga lainnnya pada kromosom 10 (BTA10) yaitu lokus BP 31, BM 1237 dan BM 888 telah dipakai untuk mendeteksi keragaman genetik sapi betina Friesian-Holstein (FH) di Balai Pembibitan Ternak Unggul (BPTU) Baturraden. Sejumlah tahapan kegiatan meliputi pengambilan sampel darah sapi laktasi, ekstraksi DNA, amplifikasi fragment DNA dengan delapan primer khusus melalui teknik polymerase chain reaction (PCR) dan pemisahan dengan elektrophoresis menggunakan spot perak. Dilakukan perhitungan frekuensi dan heterozigositas dari gen yang dipertimbangkan. Hasil menunjukkan ada 33 alel yang terdeteksi pada kedelapan lokus tersebut. Lokasi dari alel teridentifikasi adalah lima pada lokus BM 143 dan BM 4208; empat pada lokus BM 415, CSN 3, ETH 225, BM 1237, dan BM 888; dan tiga pada lokus BP 31. Dari total 33 alel teridentifikasi, 14 alelnya kemungkinan merupakan alel spesifik pada sapi FH di BPTU Baturaden. Diperoleh heterozigositas per lokus (ĥ) paling rendah sebesar 0.6151 untuk lokus BM 415 dan tertinggi sebesar 0,7301 untuk lokus BM 888. Rataan heterozigositas (Ĥ) untuk kedelapan lokus sebesar 0,6768. Genotipe BB pada lokus BM 143 dan genotipe AC pada lokus CSN 3 berpengaruh nyata (P<0,05) terhadap nilai pemuliaan produksi susu sapi FH di lokasi ini.