Isolasi Dan Determinasi Patotipe Molekuler Virus Newcastle Disease : Kajian Lapang Di Wilayah Jawa Timur
View/Open
Date
2016Author
Kurnianingtyas, Erin
Setiyaningsih, Surachmi
Indrawati, Agustin
Metadata
Show full item recordAbstract
Newcastle disease adalah penyakit yang disebabkan oleh virus dan dapat
menyebabkan infeksi sistemik hingga kematian pada unggas. Isolasi virus berhasil
diperoleh di berbagai wilayah di Indonesia dan menjadi endemik di berbagai
negara berkembang. Virus ini dilaporkan menyebabkan 14 000 kasus unggas
terinfeksi di Jawa Timur pada tahun 2011. Tujuan penelitian ini adalah mengkaji
keberadaan dan determinasi patotipe secara molekuler virus Newcastle disease di
wilayah Jawa Timur. Sampel usapan kloaka sebanyak 289 diambil dari unggas
(ayam dan bebek) pekarangan, peternakan, pengepul, dan pasar unggas di
Probolinggo, Situbondo, dan Bondowoso. Sampel dipool dengan setiap pool
terdiri dari 5-7 individu berdasarkan jenis unggas dan lokasi pengambilan sampel
sehingga didapatkan total pool sebanyak 56 pool. Sampel pool diinokulasi pada
telur ayam berembrio SPF dan dilanjutkan dengan Real Time Reverse
Transcription Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) matrix (M). Sampel positif,
kemudian diuji kembali secara individu dengan diinokulasi kembali pada telur
ayam berembrio SPF. Karakterisasi patotipe isolat dilakukan dengan rRT-PCR
Fusion (F), uji hemagglutination inhibition (HI), uji waktu elusi, dan sekuensing
gen F untuk melihat motif cleavage site.
Hasil menunjukkan 6 dari 56 pool terdeteksi positif VND. Enam pool positif
terdiri dari 5 pool dari ayam kampung dan 1 pool dari bebek. Isolasi VND dari
individu sampel asal pool positif diperoleh 8 isolat. Semua isolat berasal dari
pasar unggas di Probolinggo dan Bondowoso. Delapan isolat individu yang
terdeteksi positif VND dengan primer matrix (M). Hasil titer HI dengan
menggunakan Komarov berkisar antara 3 – 4 log2, berbeda dengan antiserum B1
menunjukkan variasi lebih rendah yaitu berkisar antara 2 – 4 Log2, sehingga
semua isolat memiliki afinitas lebih tinggi terhadap Komarov dan bereaksi positif
pada uji rRT-PCR F. Uji waktu elusi menunjukkan bahwa 7 isolat termasuk ke
dalam velogenik dan 1 isolat termasuk mesogenik. Sebagai peneguhan dari ketiga
uji diatas, analisis sekuen nukleotida menunjukkan motif asam amino multibasic
pada cleavage site protein F; tujuh isolat memiliki motif 112RRQKRF117 dan satu
isolat 112RRRKRF117.
Kedelapan isolat memiliki kesamaan secara karakteristik, akan tetapi isolat
IDNSMP-4A memiliki keragaman karakteristik berbeda dilihat dari motif
cleavage site pada protein F. Semua isolat diperoleh dari pasar unggas dan tidak
menunjukkan gejala secara klinis, sehingga dapat diindikasikan bahwa virus
mampu menyebar dengan cepat di area pasar. Hasil penelitian bisa sebagai
informasi akurat menjelaskan bahwa perlu ada pengawasan lalu lintas sebagai
pencegahan dan pengendalian penyebaran penyakit infeksi VND di pasar unggas.
Collections
- MT - Veterinary Science [931]