View Item 
      •   IPB Repository
      • Dissertations and Theses
      • Master Theses
      • MT - Mathematics and Natural Science
      • View Item
      •   IPB Repository
      • Dissertations and Theses
      • Master Theses
      • MT - Mathematics and Natural Science
      • View Item
      JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

      Analisis Komunitas Aktinobakteri Endofit Pegagan (Centella Asiatica L. Urban) Berdasarkan Gen 16s Rrna Dan Potensinya Sebagai Antidiabetes

      No Thumbnail [100%x80]
      View/Open
      Fulltext (17.60Mb)
      Date
      2016
      Author
      Ernawati, Mei
      Lestari, Yulin
      Solihin, Dedy Duryadi
      Metadata
      Show full item record
      Abstract
      Aktinobakteri endofit tanaman obat memiliki potensi sebagai sumber beragam senyawa bioaktif termasuk antidiabetes. Pengetahuan tentang keragaman genetik aktinobakteri endofit Centella asiatica penting sebagai dasar untuk mengeksplorasi aktinobakteri endofit potensial dari tanaman tersebut. Analisis keragaman melalui pendekatan metagenomik (culture-independent) dengan teknik PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction - Denaturing Gradient Gel Electrophoresis), merupakan langkah yang efisien dalam mempelajari komunitas aktinobakteri endofit. Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman aktinobakteri tanah rizosfer dan endofit C. asiatica melalui pendekatan metagenomik dengan PCR-DGGE berdasarkan gen 16S rRNA dan gen inhibitor α-glukosidase. DNA genom total tanah rizosfer dan jaringan tanaman diekstraksi menggunakan Soil DNA Isolation Kit dan Genomic DNA Mini Kit (Plant). Gen 16S rRNA aktinobakteri diamplifikasi menggunakan teknik nested-PCR (27F, 16Sact1114R dan P338F-GC, P518R). Keragaman aktinobakteri berdasarkan gen 16S rRNA dianalisis dengan DGGE pada gel poliakrilamida. Produk PCR hasil pemotongan pita DNA pada gel poliakrilamida disekuensing dan dianalisis menggunakan software bioinformatika untuk konstruksi pohon filogenetik. Gen penyandi inhibitor α-glukosidase di amplifikasi menggunakan primer vldA-F dan vldA-R. Isolat Streptomyces sp. BWA 65 digunakan sebagai kontrol positif. Hasil separasi produk gen 16S rRNA pada gel DGGE diperoleh 16 pita dominan dari tanah rizosfer dan jaringan tanaman C. asiatica. Pola distribusi pita menunjukkan bahwa komunitas aktinobakteri pada jaringan tanaman lebih beragam dibandingkan dengan tanah rizosfer meskipun tidak berbeda secara signifikan berdasarkan analisis Shannon-Wiener (2.176-2.57). Analisis BLAST.N menunjukkan 7 pita berkerabat dengan famili Streptomycetaceae (83-100%), 5 pita adalah famili Micromonosporaceae (99-100%), 1 pita adalah famili Gordoniaceae (99%), dan 3 pita lainnya masih dinyatakan sebagai unculturable (87-99%). Dari famili tersebut diperoleh 6 genus, yaitu genus Streptomyces, Micromonospora, Verrucosispora, Actinoplanes, Couchioplanes, dan Gordonia. Persentase kemiripan terhadap strain pembanding dalam database menunjukkan bahwa sebanyak 6, 5, 1, dan 4 spesies masing-masing sebesar 100, 99, 98, dan < 97%. Kemiripan < 97%, menarik untuk diungkap sebagai spesies aktinobakteri endofit baru dari C. asiatica. Amplifikasi PCR gen inhibitor α-glukosidase menunjukkan hasil positif pada sampel tanah rizosfer, akar dan daun C. asiatica. Hasil penelitian menunjukkan bahwa beragam aktinobakteri endofit dapat ditemukan berasosiasi dengan C. asiatica dan dapat dipelajari lebih lanjut terkait fungsinya dalam bidang kesehatan.
      URI
      http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/80101
      Collections
      • MT - Mathematics and Natural Science [4053]

      Copyright © 2020 Library of IPB University
      All rights reserved
      Contact Us | Send Feedback
      Indonesia DSpace Group 
      IPB University Scientific Repository
      UIN Syarif Hidayatullah Institutional Repository
      Universitas Jember Digital Repository
        

       

      Browse

      All of IPB RepositoryCollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjects

      My Account

      Login

      Application

      google store

      Copyright © 2020 Library of IPB University
      All rights reserved
      Contact Us | Send Feedback
      Indonesia DSpace Group 
      IPB University Scientific Repository
      UIN Syarif Hidayatullah Institutional Repository
      Universitas Jember Digital Repository
        

       

      NoThumbnail