Klasifikasi Fragmen Metagenom menggunakan Principal Component Analysis dan K-Nearest Neighbor
dc.contributor.advisor | Kusuma, Wisnu Ananta | |
dc.contributor.author | Simangunsong, Victoria Febrina Romauli | |
dc.date.accessioned | 2015-05-06T01:34:19Z | |
dc.date.available | 2015-05-06T01:34:19Z | |
dc.date.issued | 2015 | |
dc.identifier.uri | http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/75023 | |
dc.description.abstract | Metagenomika adalah ilmu yang mempelajari tentang analisis metagenom yang materi genetiknya diperoleh langsung dari sampel lingkungan. Ketika meng-sekuens sampel metagenom ini maka akan dihasilkan fragmen-fragmen. Pada saat fragmen-fragmen tersebut dirakit akan dihasilkan chimeric contigs atau gabungan fragmen dari berbagai organisme. Selanjutnya diperlukan proses binning yang bertujuan untuk mengklasifikasikan fragmen-fragmen tersebut ke dalam tingkat taksonomi tertentu. Pada penelitian ini peneliti melakukan klasifikasi fragmen metagenom yang diekstrasi menggunakan n-mers kemudian direduksi dimensinya menggunakan principal component analysis dan diklasifikasi menggunakan k-nearest neighbor. Nilai k yang terbaik pada KNN adalah 7. Nilai n tertinggi pada n-mers adalah 4. Akurasi pada organisme dikenal dari fold terbaik dengan menggunakan PCA 95% untuk panjang fragmen 0.5 Kbp sampai 10 Kbp berkisar antara 91.6% sampai 99,9%. Untuk organisme tidak dikenal dengan PCA 95% tingkat akurasi berkisar antara 89.64% sampai 99.32%. | en |
dc.language.iso | id | |
dc.subject.ddc | Computer Science | en |
dc.title | Klasifikasi Fragmen Metagenom menggunakan Principal Component Analysis dan K-Nearest Neighbor | en |
dc.subject.keyword | Fragmen metagenom,n-mers | en |
dc.subject.keyword | PCA | en |
dc.subject.keyword | KNN | en |
Files in this item
This item appears in the following Collection(s)
-
UT - Computer Science [2323]