Klasifikasi Fragmen Metagenom menggunakan Principal Component Analysis dan K-Nearest Neighbor
View/ Open
Date
2015Author
Simangunsong, Victoria Febrina Romauli
Kusuma, Wisnu Ananta
Metadata
Show full item recordAbstract
Metagenomika adalah ilmu yang mempelajari tentang analisis metagenom yang materi genetiknya diperoleh langsung dari sampel lingkungan. Ketika meng-sekuens sampel metagenom ini maka akan dihasilkan fragmen-fragmen. Pada saat fragmen-fragmen tersebut dirakit akan dihasilkan chimeric contigs atau gabungan fragmen dari berbagai organisme. Selanjutnya diperlukan proses binning yang bertujuan untuk mengklasifikasikan fragmen-fragmen tersebut ke dalam tingkat taksonomi tertentu. Pada penelitian ini peneliti melakukan klasifikasi fragmen metagenom yang diekstrasi menggunakan n-mers kemudian direduksi dimensinya menggunakan principal component analysis dan diklasifikasi menggunakan k-nearest neighbor. Nilai k yang terbaik pada KNN adalah 7. Nilai n tertinggi pada n-mers adalah 4. Akurasi pada organisme dikenal dari fold terbaik dengan menggunakan PCA 95% untuk panjang fragmen 0.5 Kbp sampai 10 Kbp berkisar antara 91.6% sampai 99,9%. Untuk organisme tidak dikenal dengan PCA 95% tingkat akurasi berkisar antara 89.64% sampai 99.32%.
Collections
- UT - Computer Science [2323]