Isolasi dan Kloning Fragmen DNA Mikrosatelit dari Tanaman Gaharu (Aquilaria malaccensis Lamk.)

Abstract

Aquilaria malaccensis Lamk. merupakan salah satu jenis tanaman hutan yang menghasilkan resin beraroma wangi terbaik di dunia dan masuk ke dalam kategori Appendix II dalam CITES. Penanda mikrosatelit dapat dikembangkan sebagai bahan pembeda antara tanaman A. malaccensis yang menghasilkan gaharu dengan yang tidak menghasilkan gaharu. Tujuan dari penelitian ini ialah mengisolasi dan mengklon fragmen DNA mikrosatelit tanaman A. malaccensis hasil PCR. Metode yang dilakukan terdiri atas isolasi DNA genom A. malaccensis, PCR dengan primer mikrosatelit 10pa17 dan 16pa17, elusi produk PCR, dan kloning fragmen DNA mikrosatelit. Proses kloning meliputi persiapan fragmen DNA mikrosatelit untuk sisipan, ligasi ke dalam vektor pGemT-Easy, persiapan sel kompeten E.coli strain DH5α, transformasi sel kompeten dengan vektor pembawa DNA sisipan, serta seleksi koloni bakteri biru-putih. Isolasi DNA genom menghasilkan DNA dengan konsentrasi 20 ng/μl. Fragmen DNA mikrosatelit hasil PCR berukuran 150 bp. Proses kloning telah menghasilkan koloni yang berwarna putih yang mengindikasikan bahwa koloni bakteri tersebut telah tersisipi DNA rekombinan.