. Identifikasi Keragaman Gen Κ-Kasein Dan Hubungannya Dengan Kualitas Susu Kerbau Lokal

Abstract

Terdapat dua tipe kerbau lokal Indonesia, yakni kerbau sungai (riverine buffalo) dan kerbau rawa atau kerbau lumpur (swamp buffalo). Selain sebagai penghasil daging dan tenaga kerja, kerbau dapat dimanfaatkan sebagai penghasil susu. Susu merupakan salah satu pangan fungsional karena mempunyai nutrisi lengkap secara alami dan mudah diserap oleh tubuh. Gen κ-Kasein dikenal berperan dalam mengontrol protein susu serta berperan dalam koagulasi dan pembentukan curd susu. Produk olahan susu kerbau di Indonesia masih bersifat tradisional, antara lain dadih, dali, dan danke. Salah satu produk olahan susu yang berbahan dasar susu kerbau dan memiliki nilai ekonomi tinggi adalah keju mozzarella. Hal tersebut merupakan peluang untuk meningkatkan nilai tambah susu kerbau lokal, namun kendala yang dihadapi adalah rendahnya produktivitas kerbau. Peningkatan produktivitas kerbau sebagai penghasil susu dapat didukung dengan peningkatan mutu genetik kerbau. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen κ-Kasein pada kerbau lokal di Indonesia menggunakan teknik PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) serta menganalisis hubungan antara keragaman genotipe dengan kualitas susu kerbau lokal. Sampel yang digunakan berasal darah dan susu kerbau. Sampel darah sebanyak 290 ekor, terdiri atas 40 ekor kerbau sungai dan 250 ekor kerbau rawa. Sampel susu sebanyak 40 sampel, terdiri atas 13 sampel susu kerbau sungai dan 27 sampel susu kerbau rawa. Isolasi DNA menggunakan metode ekstraksi phenol-chloroform (Sambrook et al. 1989) yang dimodifikasi oleh Andreas et al. (2010). Pendeteksian keragaman gen κ-Kasein menggunakan metode PCR-RFLP dengan EcoRV sebagai enzim restriksi. Analisis data menggunakan frekuensi alel, frekuensi genotipe, nilai heterozigositas, polymorphic informative content (PIC), dan perunutan susunan nukleotida. Hubungan antara varian genotipe gen κ-Kasein dengan kualitas susu dianalisa secara deskriptif. Amplifikasi gen κ-Kasein memiliki panjang 157 pb terletak di sebagian ekson 4. Genotiping gen κ-Kasein pada kerbau sungai menghasilkan 3 genotipe, dengan frekuensi masing-masing CC (0.775), CT (0.200), and TT (0.025); sedangkan kerbau rawa ditemukan monomorfik karena hanya memiliki satu genotipe, yaitu genotipe CC (100%). Nilai heterozigositas pengamatan kerbau sungai (Ho = 0.200) dan rawa (Ho = 0.000) adalah rendah. Nilai PIC ditemukan tinggi pada kerbau sungai di BPTU Siborong-borong (PIC = 0.288). Sekuensing fragmen gen κ-Kasein kerbau sungai menunjukkan adanya mutasi basa Citosin (C) menjadi Timin (T) pada posisi basa ke-23 pb (Thr/ACC to Ile/ATC) dan 27 pb (silent mutation Thr/ACC to Thr/ACT) dari produk PCR. Secara umum, susu kerbau rawa memiliki kadar lemak, BKTL (bahan kering tanpa lemak), protein, dan laktosa yang lebih tinggi dibandingkan kerbau sungai. Ruas gen κ-Kasein dalam penelitian ini tidak dapat digunakan sebagai penanda kualitas susu kerbau.