Analisis Keragaman Bakteri Asam Laktat dari Saluran Pencernaan Ayam Cemani Berdasarkan Gen 16S rRNA dan Potensi Penggunaannya sebagai Probiotik

Abstract

Di Indonesia terdapat 31 rumpun ayam lokal dengan karakteristik yang berbeda antara satu jenis dengan jenis lainnya. Salah satu jenisnya adalah ayam Cemani, yang mempunyai karakteristik unik dengan warna hitam diseluruh tubuhnya dan ketahanannya terhadap penyakit. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan informasi awal tentang komunitas bakteri asam laktat sebagai penyusun dari mikrobiota saluran pencernaan ayam Cemani dan mendapatkan isolat bakteri asam laktat sebagai probiotik pada ayam. Analisa keragaman bakteri dengan menggunakan metode T-RFLP dilakukan dengan isolasi DNA genom langsung dari sampel lumen saluran pencernaan ayam (tembolok, ventrikulus, ileum dan sekum), primer yang digunakan adalah primer forward 27F dilabel dengan 6-carboxyfluorescein dan primer reverse spesifik untuk bakteri asam laktat SG-Lab-0677, enzim restriksi yang digunakan HaeIII dan MspI. Selanjutnya ditentukan jumlah filotipe, kelimpahannya (indeks Shannon Wiener) dan indeks kesamaan komunitas (indeks Sorensen). Analisa plate counts dilakukan untuk memperoleh nilai total bakteri asam laktat dan juga untuk memperoleh isolat kandidat probiotik, dengan cara ditumbuhkan pada cawan petri yang berisi media padat MRS dan GYP yang ditambahkan dengan 0.5% CaCO3, diinkubasi secara anaerobik selama 48 jam pada suhu 37°C. Isolat kandidat probiotik diuji aktivitasnya meliputi uji aktivitas antimikroba terhadap bakteri indikator, uji toleransi terhadap pH dan garam empedu, uji hidrofobisitas pada permukaan sel, uji koagregasi, uji aktivitas enzimatik dan uji sensitivitas terhadap antibiotik. Identifikasi secara molekuler dan fisologis dengan fermentasi gula. Galur probiotik (L. Salivarius) yang diperoleh dienkapsulasi denngan 5% susu skim dan dilakukan pengawetan dengan metode kering beku. Selanjutnya dilakukan aplikasi L. salivarius sebagai probiotik dalam ransum terhadap penampilan dan kesehatan ayam serta komunitas mikrobiota ayam broiler. Hasil analisa T-RFLP menunjukkan perbedaan dan dinamika populasi antara mikroba pada tembolok, ventrikulus, ileum dan sekum. Tidak semua filotipe BAL dapat diidentifikasi, beberapa filotipe BAL (41 %) tidak dapat diidentifikasi (unidentified) dan 17% diidentifikasi sebagai bakteri yang belum dapat dikulturkan (unculturable), hal ini mengacu pada database yang tersedia di MiCA3. Jumlah filotipe (S) BAL di ileum (9.5) lebih tinggi daripada di komunitas lain dan jumlah terendahnya adalah di sekum (6.5), indeks keragaman Shannon- Wienner menunjukkan indeks keragaman bervariasi dengan nilai tertinggi di ileum (2.13), sedangkan yang terendah di sekum (1.08), indeks kesamaan komunitas tertinggi (0.70) adalah antara komunitas ventrikulus dan ileum. Dengan menggunakan metode tradisional pengkulturan, populasi bakteri asam laktat dari saluran pencernaan ayam diketahui antara 7.12 sampai 9.07 log CFU g - 1 dan jumlah tertingginya ditemukan di bagian tembolok. Dari uji kandidat probiotik didapatkan isolat CSP004, CCM011 dan CVM002 mempunyai aktivitas antimikroba terhadap bakteri patogen, tahan terhadap pH2 dan 0.1% garam empedu, mempunyai hidrofobisitas yang kuat pada permukaan sel dan mucus, mempunyai enzim phytase dan protease, tetapi tidak mempunyai enzim amilase dan lipase, mempunyai koagregasi dengan bakteri asam laktat lainnya tetapi lemah koagregasinya dengan bakteri patogen, dan kesemua isolat tidak ada yang resisten terhadap antibiotik. Ketiga isolat probiotik teridentifikasi sebagai Lactobacillus salivarius, tetapi dengan menggunakan kit API 50CHL, ketiganya memperlihatkan perbedaan pola dalam fermentasi gula. Penambahan probiotik belum memperbaiki penampilan ayam broiler yang meliputi bobot badan akhir, konsumsi pakan, FCR, persentase karkas, profil darah dan persentase organ limpatik, akan tetapi dengan penambahan probiotik dengan galur tunggal maupun campuran dapat meningkatkan pertambahan bobot badan ayam pada minggu pertama kehidupan ayam. Dari analisa T-RFLP penambahan probiotik galur tunggal terbukti dapat memperbaiki mikrobiota saluran pencernaan broiler pada akhir minggu.