Analisis molekuler gen penyandi hemaglutinin virus highly pathogenic avian influenza subtipe H5N1 isolat unggas air

Abstract

Virus avian influenza (VAI) subtipe HSNI yang diisolasi dari unggas air di Jawa Barat bersifat patogenik dengan pola asam amino daerah pemotongan HA QRERRRKKR dan QRESRRKKR. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis domain-domain penting gen penyandi hemaglutinin (HA) isolat-isolat tersebut. Fragmen gen HA diamplifikasi dengan metode RT-PCR menggunakan pasangan primer yang didisain khusus, dan disekuensing dengan metode dideoksi dengan ABI automatic sequencer (Applied Biosystems). Runutan nukleotida h a i l sekuensing dan asam amino turunannya disepadankan dengan ClustalW dari program MEGA 3.1. Domain asam amino daerah antigenik, posisi glikosilasi dan kantong pengikat reseptor virus yang dianalisis menunjukkan adanya polimorfisme. Sedangkan domain residu pengikat reseptor, semua isolat mempunyai glutamin (Q) dan glisin (G) berturut-turut pada asam amino nomor 222 dan 224. Temuan ini menunjukkan bahwa semua VAI H5N I dalam penelitian ini mempunyai spesifisitas reseptor avian a-2,3 NeuAcGal.