Isolation of environmental DNA from soil of oil-palm plantation and detection of prokaryotes employing dot blot hybridization

Abstract

Keberadaan serta keragaman organisme prokariot tanah sangat berperan dalam menentukan tingkat kesuburan tanah. Oleh sebab itu kemampuan untuk meneniukan distribusi dun keragaman prokariot pada suatu lingkungan tanah termasuk yang tidak dapat dikulturkan, merupakan ha1 yang diperlukan dalam usaha kita untuk memahami dinamika kesuburan tanah. Teh~ik yang dapat dimanfaat&n untuk keperlu'an tersebut adalah kombinasi antara cara yang tepat untuk mengisolasi DNA lingkungan dengan teknik hibridisasi dot blot. Sebagai pelacak dapat digunakan gen yang bersiyat universal untuk prokariot. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan DNA prokariot yang diisolasi langsung dari lingkungan tanah perkebunan kelapa sawit dun mendeteksi distribusi populasi prokariot pada lingkungan tanah tersebut. DNA lingkungan diisolasi dengan metode freeze-thaw dalam bufer pengekstrak, dun untuk hibridisasi dot blot digunakan gen penyanrli rkNA 16s yong berasal dar:' Pseudomonas aeruginosa sebagai pelacak. Analisis dot blot dilaklckan terhada~ DNA kasar (crude DNA). Hasil penelitian ienunjukkan bahwa denganC metode isolasi yang digunakan, DNA yang diisolasi tidak bisa dipisahkan dengan substansi tanah yang berwaria cokelat sampai cokelat tua. ~erlakuah tambahan dengan Prep-A-Gene DNA Purification System mampu menghilangkan warna dun DNA murni bisa diperoleh dengan rendemen 30% dari sebelum dimurnikan. Hibridisasi dot blot dapat menghasilkan sinyal, yang menunjukkan bahwa pelacak dapat mendeteksi keberadaan gen serupa pada DM kasar organisme conroh tanah. Sinyal diperoleh dari hibridisasi antara rRNA 16s dengan semua contoh tanah yang digunakan dalam penelitian ini. Namun diameter beberapa sinyal berbeda. Disimpulkan bahwa prokariot terdistribusi pada lingk~dngan tanah tersebut namun dengan populasi yang berbeda.