Karakterisasi Molekuler dan Evaluasi Model Infeksi Bakteri Avibacterium paragallinarum Isolat Lokal Penyebab Penyakit Coryza pada Ayam

Abstract

Coryza merupakan salah satu penyakit pernapasan yang disebabkan oleh bakteri Avibacterium paragallinarum (A. paragallinarum). Penyakit ini menimbulkan ancaman besar bagi kesehatan dan produktivitas unggas, terutama di negara-negara tropis seperti Indonesia. Meskipun kasusnya banyak dilaporkan, informasi mengenai karakteristik molekuler, patogenisitas, dan dinamika infeksi isolat lokal Indonesia masih terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk karakterisasi molekuler dan mengevaluasi model infeksi A. paragallinarum dari ayam yang menunjukkan gejala klinis coryza.

Sebanyak 60 sampel swab dikoleksi dari peternakan ayam di wilayah Kabupaten Bogor dan sekitarnya. Identifikasi dilakukan melalui pendekatan fenotipik (kultur pada media yang disuplemen Nicotinamide Adenine Dinucleotide [NAD], pewarnaan Gram, dan uji biokimia) serta konfirmasi molekuler menggunakan PCR HPG-2, ERIC-PCR, dan sekuensing gen 16S rRNA. Desain primer dilakukan menggunakan sekuens dari GenBank dan menargetkan gen HMTp210. Pada pemodelan infeksi, empat kelompok ayam digunakan yaitu kelompok kontrol, kelompok inokulasi A. paragallinarum, kelompok koinfeksi Staphylococcus aureus, dan kelompok transmisi. Bakteri diinokulasi ke sinus infraorbital, gejala klinis diamati, skor rata-rata harian dicatat, dan konfirmasi kembali dilakukan dengan PCR HPG-2.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa 37 dari 60 sampel terkonfirmasi positif A. paragallinarum menggunakan PCR HPG-2, namun hanya delapan isolat yang berhasil dikultur. Uji biokimia memperlihatkan hasil uji katalase dan oksidase negatif, serta tampilan bakteri Gram negatif. Analisis sekuens menunjukkan homologi 95,7–99,2% dengan strain referensi A. paragallinarum di GenBank, dan homologi 96,5–99,2% antar isolat. Pohon filogenetik menunjukkan semua sampel berada dalam klade yang sama, namun berbeda klade dengan strain referensi. Evaluasi keragaman genetik dilakukan melalui ERIC-PCR, yang mengidentifikasi lima kelompok di antara isolat, menunjukkan variasi genomik yang cukup besar. Upaya desain primer baru yang dilakukan belum berhasil membedakan serovar isolat Indonesia secara spesifik. Sementara itu, uji patogenisitas dan pemodelan infeksi berhasil mengevaluasi gejala klinis kategori ringan yang ditunjukkan dari ayam yang telah ditantang dengan positif A. paragallinarum dari hasil uji PCR mulai hari ke-2 pasca infeksi.