Karakteristik Genetik dan Studi Filogenetik Banteng Jawa (Bos javanicus) Berdasarkan Genom Mitokondria

Abstract

Banteng jawa (Bos javanicus d’Alton, 1823) merupakan mamalia liar berstatus critically endangered menurut IUCN red list, dengan penurunan populasi yang disebabkan karena degradasi habitat dan perburuan liar. Kondisi tersebut menegaskan pentingnya ketersediaan informasi genetik yang komprehensif sebagai dasar perencanaan konservasi yang efektif dan berkelanjutan. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi genom mitokondria (mtDNA) banteng jawa serta menganalisis hubungan kekerabatan baik secara intraspesifik maupun interspesifik. Sebanyak 28 sampel DNA banteng jawa yang berasal dari berbagai lembaga konservasi ex-situ serta satu individu in-situ dari taman Nasional Baluran dianalisis. DNA diekstraksi dari sampel darah dan disekuensing menggunakan platform illumina NovaSeq 6000. Data sekuensing diproses melalui tahapan quality control, perakitan genom mitokondria secara de novo menggunakan NOVOPlasty, serta anotasi gen menggunakan GeSeq dan BLAST. Analisis filogenetik interspesifik dengan metode Maximum Likelihood dan intraspesifik dengan metode Neighbor Joining. Hasil penelitian menunjukkan bahwa panjang genom mitokondria berkisar antara 16.364 bp-16.783 bp. Salah satu individu dari TSIC (MZBR.1534; nomor aksesi PX126013) memiliki panjang genom 16.430 bp, tersusun atas 37 gen (13 gen penyandi protein, 22 gen tRNA, dan 2 gen rRNA) serta satu wilayah non-koding (D-loop), dengan bias komposisi basa nukleotida AT sebesar 60,52% yang mirip dengan spesies lain dalam famili Bovidae. Wilayah D-loop mengandung tandem repeat sebanyak 22 bp, termasuk motif konservatif TACAT/ACATA yang berpotensi digunakan sebagai penanda genetika banteng jawa. Analisis filogenetik interspesifik menunjukkan bahwa sampel PX126013 berkelompok satu klad dengan Bos javanicus referensi dan Bos javanicus sapi bali dengan nilai kepercayaan bootstrap yang tinggi. Analisis filogenetik intraspesifik mengungkap adanya dua klaster pada populasi banteng jawa. Klaster pertama meliputi populasi dari ex-situ (TSIP, BZ, TMR dan KBS) dan klaster kedua meliputi populasi ex-situ (TSIC, TSIP dan KBS) serta satu individu dari TSIP yang berasal dari in-situ (TN.Baluran) PX126013. Distribusi individu TSIP pada kedua klaster menunjukkan tingkat keragaman genetik yang relatif lebih tinggi dibanding populasi ex-situ lainnya. Kedekatan genetik antara individu Taman Nasional Baluran dengan beberapa populasi ex-situ menunjukkan bahwa populasi banteng jawa yang dikelola di lembaga konservasi ex-situ masih mempertahankan karakter genetik mitokondria yang sebanding dengan populasi alami.