Keragaman Komunitas Fungi Pada Karakteristik Wilayah Agroforestri Di Taman Nasional Rawa Aopa Watumohai Sulawesi Tenggara

Abstract

Fungi tanah berperan penting dalam siklus nutrisi, degradasi biomassa, dan kestabilan ekosistem, namun informasi mengenai keragaman fungi pada sistem agroforestri di Taman Nasional Rawa Aopa Watumohai (TNRAW) masih terbatas. Penelitian ini mengeksplorasi komunitas fungi tanah pada lima titik agroforestri serta membandingkan performa primer SSU dan ITS2 menggunakan pendekatan metabarkoding berbasis Oxford Nanpore Technologies (ONT). Ekstraksi DNA berhasil dilakukan meskipun menunjukkan variasi kualitas akibat keberadaan inhibitor tanah, ditunjukkan oleh fluktuasi rasio kemurnian (A260/A280 dan A260/A230). Amplifikasi DNA menggunakan ITS2 menghasilkan pita PCR yang lebih jelas dan konsisten dibanding SSU, sehingga menghasilkan data sekuensing yang lebih kaya. Analisis taksonomi menunjukkan bahwa primer ITS2 memiliki kemampuan lebih tinggi dalam mendeteksi komunitas fungi dengan resolusi taksonomi yang lebih baik. Komunitas yang teridentifikasi didominasi oleh filum Ascomycota dan Basidiomycota, dengan genus yang sering muncul meliputi Aspergillus, Fusarium, dan Trichoderma. Sebaliknya, primer SSU lebih banyak menangkap organisme eukariot non-fungi seperti protista dan mikroalga, sehingga resolusi fungi lebih rendah. Kurva rarefaksi menunjukkan bahwa kedalaman sekuensing mampu menangkap diversitas komunitas secara representatif. Analisis beta diversity dengan NMDS memperlihatkan pemisahan cluster komunitas berdasarkan tipe primer, menunjukkan bahwa perbedaan primer memengaruhi interpretasi struktur komunitas. Analisis fungsi biologis berdasarkan anotasi EC, KO, dan jalur metabolik menunjukkan bahwa primer ITS2 lebih sensitif dalam mendeteksi fungsi spesifik fungi terkait degradasi lignoselulosa dan metabolisme enzimatik kompleks. Sebaliknya, SSU menggambarkan fungsi ekologis umum komunitas eukariot tanah. Hasil ini menegaskan bahwa penggunaan kedua primer secara komplementer dapat meningkatkan resolusi dan interpretasi ekologis dalam studi biodiversitas tanah berbasis metabarkoding di wilayah agroforestri TNRAW.