Keragaman Genotipe Lokal Hotong (Setaria italica L. Beauv) Berbantu Marka Molekuler Start Codon Targeted (SCoT)

Abstract

Hotong [Setaria italica (L.) Beauv] berpotensi sebagai tanaman pangan di Indonesia karena toleransinya terhadap cekaman lingkungan. Pemanfaatan genotipe lokal menjadi penting dengan meningkatnya lahan kering dan salin serta berkurangnya curah hujan. Studi keragaman genetik berbasis karakter morfologi kurang akurat karena pengaruh lingkungan terhadap karakter morfologi, sehingga marka molekuler seperti start codon targeted (SCoT) diharapkan memberikan hasil yang lebih akurat dalam mendeteksi polimorfisme genotipe. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi keragaman genetik 11 genotipe lokal hotong Indonesia menggunakan marka SCoT. Amplifikasi DNA menggunakan 16 marka SCoT berhasil mendeteksi 190 lokus, terdiri atas 16 lokus monomorfik dan 174 lokus polimorfik. Nilai polymorphism information content (PIC) berkisar antara 0,33-0,37, menunjukkan bahwa marka SCoT cukup informatif. Dendrogram berbasis koefisien Jaccard mengelompokkan genotipe hotong dalam dua klaster utama, A dan B, dengan koefisien similaritas 0,24. Genotipe Toraja dan Buru termasuk dalam klaster B karena memiliki kedekatan genetik dengan koefisien similaritas mendekati 0,94, sementara sub klaster dalam klaster A menunjukkan adanya keragaman lebih lanjut. Hasil ini menunjukkan bahwa marka SCoT dapat digunakan dalam mengkarakterisasi keragaman genetik hotong lokal Indonesia.

Foxtail millet [Setaria italica (L.) Beauv] is a promising food crop for Indonesia due to its resilience against environmental stresses. Given the increasing dry and saline land areas and declining rainfall, research on local genotypes is crucial. Traditional genetic diversity studies have relied on morphological characterization, which is prone to environmental influence, while molecular markers like start codon targeted (SCoT) offer a more reliable approach. This study aimed to evaluate the genetic diversity of 11 local foxtail millet genotypes using SCoT markers. Using 16 selected SCoT markers, 190 loci were detected, including 16 monomorphic and 174 polymorphic loci. The polymorphism information content (PIC) ranged from 0.33 to 0.37, indicating sufficient informativeness. A dendrogram based on the Jaccard coefficient revealed two primary clusters, A and B, with a similarity coefficient of 0.24. Toraja and Buru genotypes were grouped in Cluster B due to their close genetic similarity (coefficient ~0.94), while subclusters within Cluster A indicated further diversity. These findings showed the potential of SCoT markers in assessing genetic variation among Indonesian foxtail millet genotypes.