Karakterisasi Empat Kultivar Mangga (Mangifera indica L.) Berdasarkan Sekuensing DNA Genomik dan Genom Kloroplas

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengungkap karakteristik draft genom dan hubungan kekerabatan empat kultivar lokal mangga Indonesia, ‘Gadung 21’, Denarum Agrihorti, ‘Manalagi 69’, dan ‘Garifta Merah’. Sekuensing genom dengan teknologi Oxford Nanopore, genom assembly menggunakan Flye, serta analisis terhadap genom kloroplas. Proses assembly diikuti dengan anotasi fungsional terhadap berbagai database (nt-NCBI, nr-NCBI, SwissProt, TrEMBL, dan UniProt). Anotasi berbasis Gene Ontology (GO) melalui DAVID Bioinformatics mengindikasikan terdeteksinya sejumlah gen dengan fungsi biologis penting pada masing-masing kultivar. Genom kloroplas dari ‘Gadung 21’, Denarum Agrihorti, dan ‘Manalagi 69’ memperlihatkan struktur kuadripartit yang konservatif, dengan ukuran berkisar antara 157.735–157.746 bp dan kandungan GC sekitar 38%. Genom kloroplas ‘Garifta Merah’ hanya tersusun sebagian (86.866 bp) tanpa deteksi lengkap wilayah SSC dan IR, menunjukkan data parsial akibat cakupan sekuens yang rendah. Anotasi genom plastid mengidentifikasi 110 gen fungsional, terdiri atas 77 gen penyandi protein, 29 tRNA, dan 4 rRNA. Variasi struktural teridentifikasi pada batas wilayah inverted repeat (IR), panjang intron, jumlah kodon, komposisi asam amino, dan distribusi SSR. Analisis filogenetik berbasis data genom kloroplas menggunakan metode maximum likelihood dengan model TVM+F+G4 dan 10.000 ultrafast bootstrap mengelompokkan seluruh kultivar ke dalam klade M. indica, dengan pembentukan sub-klaster yang mencerminkan kedekatan genetik dan kemungkinan perbedaan asal-usul domestikasi.