Analisis Keragaman Dna Mitokondria Tikus Rumah (Rattus Rattus) Di Jawa Barat

Abstract

Jawa Barat memiliki pola geografi dan penyebaran penduduk yang khas. Wilayah utara Jawa Barat cenderung bersifat landai dengan tingkat kepadatan penduduk yang cukup tinggi, sedangkan wilayah selatan yang berbukit-bukit dengan tingkat kepadatan penduduk yang rendah. Kondisi tersebut diduga memberikan kontribusi pada keragaman genetik pada tikus rumah (Rattus rattus). Amplifikasi DNA mitokondria R. rattus dengan primer Cyt. B. L14841 dan H15149 menghasilkan fragmen dengan ukuran 378 pasangan basa. Analisis partial dengan menggunakan metode Restriction Fragmen Lenght Polymorphism terhadap fragmen cyt b hasil amplifikasi dengan menggunakan enzim restriksi EcoRI, Alul, Bgll, dan Hpal tidak dapat memotong fragmen hasil amplifikasi dengan kedua primer di atas. Enzim restriksi BamHI menghasilkan pemotongan dua fragmen (258 pb dan 120 pb) tetapi tidak menghasilkan keragaman. Pemotongan dengan menggunakan Rsal menghasilkan tiga pola pemotongan; terdiri dari pola 1 dengan ukuran fragmen 320 pb dan 58 pb yang ditemukan di daerah Bogor, Bandung, Sukabumi dan Ciamis, pola II dengan ukuran fragmen 286 pb, 63 pb dan 28 pb yang ditemukan di daerah Ciawi (Bogor) dan Cicurug (Sukabumi); pola III dengan ukuran fragmen 289 pb dan 97 pb yang ditemukan di daerah Serang. Pola keragaman genetik ini tidak berhubungan dengan pola geografi dan kepadatan penduduk di Jawa Barat.