Aplikasi DNA Barcoding dan DNA Metabarcoding untuk Identifikasi Spons Laut di Selat Dampier

Abstract

Identifikasi spesies dapat dilakukan dengan berbagai metode diantaranya adalah dengan pengamatan morfologi dan pendekatan molekuler. Sifat plastisitas dari morfologi spons menyebabkan biota ini menantang untuk diidentifikasi. Upaya identifikasi dengan pendekatan molekuler dapat menjadi salah satu alternatif dalam kajian spons. Penelitian ini berujuan untuk mengidentifikasi spons dari sampel yang tidak utuh dengan pendekatan DNA barcoding dan DNA metabarcoding. Sampel spons yang diambil adalah sampel dengan tampak morfologi luar yang berbeda. Identifikasi dengan pendekatan molekuler dimulai dari ekstraksi DNA spons dan dilanjutkan dengan amplifikasi DNA. Analisis DNA barcoding menggunakan primer LCO 1490 dan HCO 2198, sedangkan analisis DNA metabarcoding menggunakan primer mlCOIlintf dan dgHCO2198 yang menargetkan gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI). Produk PCR kemudian dielektroforesis dan kualitas pita DNA yang baik akan dilanjutkan pada tahap sekuensing. Analisis genetik dengan metode DNA barcoding mendeteksi 4 jenis yaitu Halichondria sp., Stylissa carteri, Xestospongia deweerdtae, dan Theonella sp. dari 5 sampel yang teramplifikasi. Analisis DNA metabarcoding mendeteksi sebanyak 138 Operational Taxonomic Units (OTUs) dan 65.884 reads atau sekuen yang terdiri dari tiga kelompok yakni kelompok eukariot, kelompok bakteri, dan kelompok yang tidak teridentifikasi secara taksonomi (unassigned). Sampel spons pada penelitian ini dapat diidentifikasi dengan pendekatan DNA barcoding dan DNA metabarcoding. Penggunaan primer yang berbeda menyebabkan adanya perbedaan biota yang terdeteksi. Identifikasi spons dengan metode DNA barcoding menghasilkan taksonomi hingga tingkat spesies. Penggunaan metode DNA metabarcoding dapat mendeteksi tujuh genus spons serta memungkinkan deteksi spons jenis lain yang tidak terdeteksi dengan DNA barcoding. Genus spons yang terdeteksi pada analisis ini menggunakan metode molekuler diantaranya genus Agelas, Paratetilla, Pseudoceratina, Haliclona, Theonella, Halichondria, Xestospongia dan dua spesies diantaranya Xestospongia deweerdtae dan Stylissa carteri. Penerapan kedua metode ini juga sama-sama mendeteksi DNA non-target atau DNA selain spons. Rekomendasi untuk penelitian selanjutnya yakni preservasi yang lebih baik, dan penggunaan primer yang lebih spesifik.