Analisis Bakteri Dominan pada Susu Sapi Selama Penyimpanan pada Suhu Refrigerator dengan Menggunakan 16S rRNA Sekuensing

Abstract

Susu sapi selain sebagai sumber nutrisi yang baik untuk dikonsumsi, juga merupakan media yang sesuai untuk pertumbuhan bakteri. Kajian mengenai profil bakteri di dalam susu erat kaitannya dengan kualitas mikrobiologi susu sapi, tetapi terbatas pada profil bakteri yang bisa dikulturkan (cultivable) saja. Pendekatan molekuler identifikasi menggunakan 16S rRNA saat ini memungkinkan untuk mengidentifikasi bakteri pada susu tanpa proses kultivasi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dominan bakteri yang ada pada susu sapi selama penyimpanan pada suhu refrigerator dengan menggunakan metode 16S rRNA sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pH sampel susu sapi berkisar antara 6,47–6,67. Konsentrasi dan kemurnian total DNA bakteri cenderung fluktuatif pada setiap sampel. Total DNA genomik kemudian diekstraksi dan digunakan sebagai template amplifikasi gen 16S rRNA menggunakan primer 9F dan 1541R. Hasil analisis sekuens 16S rRNA menunjukkan bahwa bakteri dominan sampel susu sapi S0 adalah Bifidobacterium sp., bakteri dominan sampel susu sapi S3 adalah Acinetobacter sp., dan bakteri dominan sampel susu sapi S7 adalah Enterococcus sp..

Apart from being a good source of nutrition for consumption, cow's milk is also a suitable medium for bacterial growth. The study of the bacterial profile in milk is closely related to the microbiological quality of cow's milk but is limited to the profile of cultivable bacteria only. Molecular identification approaches using 16S rRNA currently allow the identification of bacteria in milk without a cultivation process. This research aims to analyze the dominant bacteria in cow's milk during storage at refrigerator temperature using the 16S rRNA sequencing method. The research results showed that the pH of cow's milk samples ranged from 6,47–6,67. The concentration and purity of total bacterial DNA tend to fluctuate in each sample. Total genomic DNA was then extracted and used as a template for 16S rRNA gene amplification using primers 9F and 1541R. The results of 16S rRNA sequence analysis showed that the dominant bacteria in cow's milk sample S0 was Bifidobacterium sp., the dominant bacteria in cow's milk sample S3 was Acinetobacter sp., and the dominant bacteria in cow's milk sample S7 was Enterococcus sp..