| dc.description.abstract | Sapi bali merupakan salah satu sumber daya genetik ternak asli Indonesia
yang harus dikembangkan dan dilestarikan. Gen 12S rRNA dapat digunakan
sebagai marker keragaman genetik pada sapi dan saat ini belum diteliti secara
intensif pada sapi bali. Penelitian ini bertujuan menganalisis gen 12S rRNA mtDNA
untuk menentukan keragaman haplotipe dan filogenetik pada sapi Bali di kawasan
timea Indonesia yang diwakili oleh 3 provinsi sebagai sumber kantong penghasil
sapi Bali paling besar, selain itu digunakan sapi lokal Indonesia lainnya sebagai
pembanding dalam penelitian ini. Sebanyak 95 sampel darah sudah dikoleksi di
Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian
Bogor dari 3 bangsa sapi, yaitu sapi bali dari BPTU-HPT Pulukan Denpasar Bali,
sapi bali dari Village Breeding Centre (VBC) Kabupaten Baru Sulawesi Selatan,
sapi bali dari BPTU-HPT Serading Nusa Tenggara Barat, sapi madura dari VBC
Kabupaten Pamekasan Jawa Timur dan sapi PO dari VBC Kabupaten Kebumen
Jawa Tengah. Sampel dianalisa keragaman haplotipe menggunakan metode PCR
dan sekuensing. Data dilakukan validitas data dengan Bio Edit dan FinchTV.
Analisis data dengan metode elustal W untuk mengestimasi jarak genetik dihitung
dengan p distance pada program MEGA versi 10, dan dihitung keanekaragaman
nukleotida yang dinyatakan sebagai jumlah situs polimorfik (S), perbedaan
nukleotida (K), keragaman haplotipe (Hd), dan keragaman nukleotida (x) dihitung
menggunakan program DNAsp versi 6.12.01. Median-joining network dianalisis
menggunakan program Network versi 10.2. Pohon Filogenetik direkonstruksi
menggunakan metode bootstrapped Maximum Likehood 1000 kali pengulangan,
gamma distribution (+G) dengan menggunakan lima rate kategori. Hasilnya
panjang sekuen gen 12S rRNA yang dapat dianalisis 909 bp. Nilai jarak genetik
berkisar 0,00200-0,01508. Keragaman haplotipe berkisar 0,66000-0,91111. Nilai
keragaman nukleotida berkisar 0,00174-0,01673. Berhasil ditemukan sebanyak 16
haplotipe. Nilai Gst 0,00803, nilai Nst 0,07550, nilai Fst 0,07622. Berdasarkan hasil
analisa keragaman marka gen 12S rRNA terdapat haplotipe spesifik yang
membedakan tiga lokasi sapi bali di kawasan timur Indonesia yaitu haplotipe H16
(asal Denpasar), H18 (asal Sulawesi Selatan), dan H19 (asal Nusa Tenggara Barat).
Perbedaaan haplotipe spesifik juga ditemukan antar bangsa sapi yaitu haplotipe H6,
1H7, H8 (Sapi PO) dan H9, H10, H11, H13 (Sapi madura). Analisis jarak genetik
dan filogenetik menunjukkan bahwa sapi bali terdapat perbedaan di berbagai
wilayah. Penelitian ini meskipun keragamannya rendah pada sapi bali, gen 125
RNA dapat dijadikan sebagai kandidat marka genetik untuk studi keragaman sapi
pedaging khususnya pada sapi bali | id |
