Teknik purifikasi DNA toral dan produk PCR-nya dengan menggunakan marker internal transcribed spacer (ITS) pada hard coral Goniopora sp.

Abstract

Teknik purifikasi DNA karang yang baik dan efisien amat diperlukan dalam studi genetika karang. Hasil purifikasi DNA yang tervisualisasi menandakan partikel DNA yang memiliki besaran molekul yang homogen dan bersifat spesifik. Dari penelitian ini didapatkan hasil purifikasi yang lebih baik dengan adanya penambahan proteinase-K dan penginkubasi selama semalaman yang dapat memaksimalkan pelisisan sel. Kualitas DNA yang dihasilkan berturut-turut oleh G. stokesi, G. palmensis, G. planulata, G . columna, G. norfolkensis, G. tenuidens adalah 1.67 OD, 2.46 OD, 1.76 OD, 1.73 OD, 1.03 OD, dan 1.03 OD. Sedangkan kuantitas DNA pada masing-masing DNA total yang menjadi DNA cetakan untuk proses PCR pada masing-masing koloni adalah sebesar 105 μg/ml, 224 μg/ml, 1085 μg/ml, 266 μg/ml, 6713 μg/ml dan 4389 μg/ml. DNA yang mendekati murni meliputi 3 koloni yakni G. stokesi, G. planulata, dan G. columna. Pada G. norfolkensis dan G.tenuidens kemungkinan telah terkontaminasi protein dalam jumlah sedikit. Sedangkan G. palmensis diperkirakan terkontaminasi oleh RNA dalam jumlah sedikit namun masih dikategorikan memiliki kualitas yang baik. Pada DNA cetakan, sampel Goniopora yang memiliki kualitas baik untuk pengamplifikasian (di antara 1.8 hingga 2.0 OD) meliputi G. stokesi, G. palmensis, G. columna, dan G. planulata. Sedangkan pada G. norfolkensis dan G. tenuidens, kemurniannya termasuk rendah walaupun kuantitasnya besar…