Ragam struktur "Immature RNA" 49 gen sapi yang akan ditranslasikan menjadi protein

Abstract

Bioteknologi dikenal sebagai salah satu revolusi teknologi yang sangat enjanjikan. Pentingnya bioteknologi secara strategis dan potensinya untuk konstribusi dalam bidang pertanian, pangan, kesehatan, sumber daya alam dan ingkungan mulai menjadi kenyataan yang semakin berkembang. Dengan ditemukannya DNA sebagai material genetik yang berstruktur double helix oleh Watson dan Crick tahun 1953 dan enzim untuk berbagai modifikasi dan manipulasi DNA melahirkan genetika molekuler. Informasi sekuen DNA dapat diakses melalui media internet yang terhimpun di dalam NCBI database yang berpusat di USA, EMBL (Eropa) dan DDBJ di Jepang. Penelitian ini memanfaatkan informasi tersebut untuk mendeskripsikan bentuk struktur "immature RNA" pada 49 gen sapi (Bos taurus) dan ada tidaknya variasi pola bentuknya. Pencarian sekuen DNA complete dilakukan selama bulan Maret hingga April 2004 dengan menggunakan fasilitas internet. Data berupa 49 gen yang telah disekuen dengan lengkap kemudian dianalisis secara deskriptif, diidentifikasi pola atau bentuknya kemudian masing-masing dibandingkan untuk mengetahui ada tidaknya variasi bentuk struktur gen. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 12 variasi bentuk struktur gen yaitu EC1, EC00, EC21, EC22, EC01, EC10, EC12, EC13, EC20, ECs2, ECss dan IC11. Bentuk struktur gen yang paling banyak yaitu EC11 sebesar 42,86% terdiri atas 21 gen. Posisi kedua ECoo sebesar 16,33% terdiri atas delapan gen. Posisi ketiga EC21 sebesar 14,3% dengan tujuh gen. Posisi keempat EC22 sebesar 6,12% dengan tiga gen. Posisi kelima ECoi dan EC10 sebesar 4,08% dengan dua gen. Posisi keenam EC12, EC13, EC20, ECs2, ECss dan IC₁₁ masing-masing sebesar 2,04% dengan satu gen. Adanya variasi pada struktur gen disebabkan oleh pola susunan bagian penyusun gen, penyebaran dari kodon awal (initiation codon), kodon akhir (stop codon) dan ada tidaknya UTR (untranslated regions) yang meliputi 5'UTR dan 3'UTR. Sapi merupakan organisme eukariot, pada struktur gennya terdapat bagian intron yang menyelingi ekson sehingga bentuk struktur gen minimal tersusun atas dua ekson dan satu intron.