Penjajaran global Sekuen DNA berbasis rowwise menggunakan algoritme needleman-wunsch dengan platform CUDA

Abstract

Penjajaran sekuen merupakan hal yang fundamental dalam bioinformatika. Penjajaran sekuen dapat dilakukan untuk menganalisis DNA. Penjajaran sekuen dilakukan dengan menggunakan pemograman dinamis yang memiliki kompleksitas O(mn). Penerapan paralel pada penjajaran sekuen dapat mempercepat proses penjajaran. Implementasi penerapan paralel pada penjajaran sekuen membutuhkan skema partisi seperti rowwise, colunmwise, dan antidiagonal. Tujuan dari penelitian ini adalah menerapkan algoritme global pairwise alignment (Needleman-Wunsch) paralel menggunakan graphic processing unit (GPU) dengan skema partisi rowwise. Hasil penelitian menunjukkan speedup dapat meningkat hingga 5.9 kali untuk sekuen DNA dengan panjang 22 000 bp.