| dc.contributor.advisor | Kusuma, Wisnu Ananta | |
| dc.contributor.advisor | Akbar, Auriza Rahmad | |
| dc.contributor.author | Dista, Rozi Kapara | |
| dc.date.accessioned | 2023-10-25T07:09:20Z | |
| dc.date.available | 2023-10-25T07:09:20Z | |
| dc.date.issued | 2016 | |
| dc.identifier.uri | http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/128243 | |
| dc.description.abstract | Deoxyribo nucleic acid (DNA) merupakan asam nukleat yang menyimpan
informasi genetika makhluk hidup. Sekuens DNA suatu makhluk hidup dapat
memiliki similaritas dengan sekuens DNA makhluk hidup lainnya. Penjajaran
sekuens adalah salah satu cara untuk melihat similaritas di antara sekuens DNA.
Penjajaran sekuens untuk sekuens DNA yang panjang membutuhkan waktu yang
lama. Penjajaran sekuens secara paralel dapat mempercepat proses penjajaran.
Untuk mengimplementasikannya dibutuhkan skema partisi, salah satunya adalah
columnwise. Penelitian ini menggunakan metode Smith-Waterman untuk
melakukan penjajaran sekuens lokal dan GPU untuk melakukan penjajaran
sekuens secara paralel. Pada penelitian ini dihasilkan speedup tertinggi sebesar
5.542 kali untuk sekuens DNA dengan panjang 22 000 bp menggunakan skip 1. | id |
| dc.language.iso | id | id |
| dc.publisher | IPB (Bogor Agricultural Univerity) | id |
| dc.subject.ddc | Mathematics and Natural Sciences | id |
| dc.subject.ddc | Computer Science | id |
| dc.title | Penjajaran Lokal Sekuens DNA Paralel dengan Skema Partisi Columnwise Menggunakan CUDA | id |
| dc.type | Undergraduate Thesis | id |
| dc.subject.keyword | columnwise | id |
| dc.subject.keyword | sequence alignment | id |
| dc.subject.keyword | Smith-Waterman | id |
