Analisis keterpautan marka RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dengan ketahanan penyakit layu fusarium pada semangka

Abstract

Penelitian ini dilakukan untuk memperoleh penanda DNA yang bisa membedakan tanaman semangka yang tahan dengan tanaman semangka yang rentan terhadap penyakit layu Fusarium. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan anilisis Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Penelitian berlangsung di Laboratorium RGCI (Research Group for Crop Improvement) pada bulan Desember 2006 Mei 2007. Pengamatan dilakukan dengan melihat husi elektroforesis DNA yang divisualisasikan dengan UV illuminator dan didokumentasikan menggunakan kamera digital. Genotipe semangka yang diuji dalam penelitian adalah empat genotipe yang rentan terhadap panyakit layu fusarium yaitu Charleston Gray dengan persentase kejadian penyakit layu fusarium sebesar 83.3%, Long Dragon AG-13 66.6%, New Long ET-03 66.6%, dan Sugar Baby 66.6%; serta genotipe yang tahan terhadap penyakit layu fusarium yaitu Dragon Giant 145, Kaisar, Lokal Kupang yang ketiganya memiliki persentase kejadian penyakit yang rendah yaitu 16,6% Sebanyak 3 primer 10-mer acak yang mengandung 60% Guanin-Cytosine (GC) digunakan untuk reaksi amplifikasi sifat ketahanan populasi semangka yang terdiri dari 4 genotipe semangka rentan dan 3 genotipe semangka tahan penyakit layu fusarium. Primer tersebut yaitu P01 (GTA GCA CTCC), 109 (TGG AGA GCAG), dan G10 (AGG GCC GTCT) dengan temperature anneling yang berbeda-beda yaitu: P01-16,01°C; 105 21,57 °C; G10 26,92 °C. Hasil amplifikasi dari ketiga primer yang digunakan pada gel agarose 1.5% yang dilihat di UV illuminator memperlihatkan marker P01-700 terkait dengan sifat ketahanan terhadap penyakit layu fusarium pada populasi semangka yang digunakan dan secara spesifik dapat membedakan semangka tahan dan rentan. Marker P01700 dilaporkan terkait (1.6 CM) terhadap gen resisten ras 1 penyakit layu fusarium pada semangka. Pada 700bp muncul pita pada ketiga DNA semangka tahan penyakit layu fusarium sedangkan pada keempat DNA semangka rentan fusarium tidak muncul. Sedangkan 109500 dan G10sso kurang spesifik dalam membedakan kedua kelompok genotipe tersebut. Sehingga berdasarkan hasil analisis RAPD dengan menggunakan marka P01700. genotipe Charleston Gray, Long Dragon AG-13, New Long Et-03 dan Sugar Baby 2 tidak memiliki gen ketahanan terhadap penyakit layu fusarium. Sedangkan genotipe Select Dragon, Lokal Kupang dan Kaisar merupakan genotipe yang memiliki gen ketahanan layu fusarium.