Kajian Fungsional Kandidat Marka Genetik Penentu Kualitas Daging Domba Indonesia
Date
2023-05-29Author
Harahap, Ratna Sholatia
Gunawan, Asep
Noor, Ronny Rachman
Endrawati, Yuni Cahya
Darusman, Huda Shalahudin
Metadata
Show full item recordAbstract
Upaya peningkatan produksi daging domba baik secara kuantitas maupun
kualitas perlu dilakukan untuk membantu pemenuhan kebutuhan protein asal
hewani khususnya bersumber dari daging. Salah satu langkah yang dapat
dilakukan melalui program seleksi berbasis molekuler dengan marka genetik
penentu kualitas daging domba. Hasil RNA sequencing yang dilakukan
sebelumnya diperoleh beberapa kandidat marka genetik diantaranya gen dopa
decarboxylase (DDC) dan cytochrome P450 family 2 subfamily E member 1
(CYP2E1) yang diduga memiliki peranan dalam kualitas daging domba.
Penelitian ini bertujuan mengkaji secara fungsional kandidat marka genetik gen
DDC dan CYP2E1 dari segi aspek genomik, transkriptomik, dan proteomik dalam
peranannya terkait mekanisme kualitas daging domba Indonesia. Kajian
fungsional meliputi identifikasi keragaman gen DDC dan CYP2E1, asosiasi
keragaman gen DDC dan CYP2E1 dengan kualitas karkas dan daging, analisis
ekspresi gen DDC dan CYP2E1, dan analisis protein CYP2E1.
Identifikasi keragaman gen DDC dan CYP2E1 dilakukan pada 200 ekor
domba Indonesia dari beberapa rumpun diantaranya domba ekor tipis (DET),
domba ekor gemuk (DEG), domba Garut (DG), domba Jonggol (DJ), domba
compass agrinak (DCA), domba barbados cross (DBC), dan domba komposit
Garut agrinak (DKG). Keragaman gen DDC dan CYP2E1 diidentifikasi dengan
metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism
(PCR-RFLP). Hasil keragaman gen DDC dan CYP2E1 diasosiasikan dengan
kualitas daging domba dengan analisis uji T. Tingkat ekspresi gen DDC dan
CYP2E1 dari masing–masing genotipe dianalisis menggunakan metode
quantitative Real Time-PCR (qRT-PCR). Analisis protein CYP2E1 dilakukan
dengan pewarnaan imunohistokimia (IHK) dan hematoxylin-eosin (HE)
menggunakan masing-masing tiga sampel kelompok tinggi dan rendah
berdasarkan nilai pH daging.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa SNP g. 5377439 G>A gen DDC dan
SNP g. 50658168 T>C gen CYP2E1 bersifat polimorfik (beragam) pada populasi
domba yang diamati dengan ditandai munculnya tiga genotipe berbeda pada
masing-masing gen, yaitu GG, AG, dan AA pada gen DDC serta TT, CT, dan CC
pada gen CYP2E1. Gen DDC memiliki pengaruh yang signifikan (P<0,05) pada
sebagian besar sifat kualitas karkas domba, diantaranya karakteristik karkas
meliputi bobot hidup, persentase karkas, panjang karkas, karkas hangat, dan
karkas dingin, dan seluruh potongan komersil karkas kecuali shank dan neck.
Selain itu gen DDC juga memiliki pengaruh yang nyata (P<0,05) pada kualitas
daging meliputi nilai pH, keempukan, dan daya mengikat air. Keragaman gen
DDC juga memiliki pengaruh yang nyata (P<0,05) dengan komposisi asam lemak
meliputi konten lemak; asam lemak jenuh termasuk asam oktanoat (C8:0), asam
kaprat (C10:0), asam palmitat (C16:0), asam heptadekanoat (C17:0), asam stearat
(C18:0), asam arakidat (C20:0), dan asam henekosanoat (C21:0), asam behenat
(C22:0), asam trikosanoat (C23:0), dan asam tetrakosanoat (C24:0). Selain itu,
gen DDC juga berhubungan secara nyata (P<0,05) dengan asam lemak tak jenuh
tunggal termasuk asam palmitoleat (C16:1), asam oleat (C18:1n9c), asam elaidik
(C18:1n9t), dan asam nervonat (C24:1); serta asam tak jenuh ganda termasuk
asam linolenat (C18:3n3), asam eikosidoneat (C20:2), asam homo y-linolenat
(C20:3n6), dan asam arakidonat (C20:4n6). Akan tetapi, gen DDC tidak memiliki
pengaruh yang signifikan (P>0,05) pada kandungan mineral daging. Secara umum
genotipe AG pada gen DDC menunjukkan nilai kualitas daging yang paling tinggi
dibandingkan genotipe AA dan GG. Tingkat ekspresi gen DDC secara signifikan
berbeda nyata (P<0,05) dalam mempengaruhi kualitas daging.
Hasil asosiasi gen CYP2E1 dengan parameter kualitas karkas menunjukkan
adanya pengaruh keragaman genotipe yang signifikan (P<0,05) pada sifat kualitas
karkas, diantaranya semua parameter karakteristik karkas meliputi bobot potong,
persentase karkas, panjang karkas, karkas hangat, dan karkas dingin; potongan
komersil karkas meliputi leg, shoulder, rack, breast, loin, flank, shank, dan neck.
Keragaman gen CYP2E1 juga memiliki pengaruh yang nyata (P<0,05) dengan
komposisi asam lemak meliputi konten lemak, asam lemak jenuh, seperti asam
palmitat (C16:0), asam margarat (C17 :0), asam stearat (C18:0), asam arakidat
(C20:0), asam heneikosilat (C21:0), asam behenat (C22:0), asam trikosilat
(C23:0), asam tetrakosanoat (C24:0). Selanjutnya, gen CYP2E1 juga memiliki
hubungan yang signifikan dengan asam lemak tak jenuh tunggal, seperti asam
miristoleat (C14:1), asam palmitoleat (C16:1), asam ginkgoleat (C17:1), asam
oleat (C18:1n9c), asam elaidat (C18:1n9t), asam paullinat (C20:1), dan asam
erusat (C22:1n9); dan beberapa parameter asam lemak tak jenuh ganda, seperti
asam linoleat (C18:2n6c), asam y-linolenat (C18:3n6), asam dihomo-y-linolenat
(C20:3n6), asam arakidonat (C20:4n6), dan asam eikosapentaenoat (C20:5n3);
serta kandungan mineral, yaitu selenium (Se). Domba dengan genotipe CT
memiliki nilai kualitas daging yang lebih baik dibandingkan genotipe CC dan TT
pada gen CYP2E1. Analisis ekspresi gen CYP2E1 menunjukkan adanya
perbedaan yang nyata (P<0,05) antar genotipe dengan tingkat ekspresi tertinggi
ada pada genotipe CT. Ekspresi gen DDC dan CYP2E1 berdasarkan analisis
scatterplot menunjukkan bahwa kedua gen ini memiliki korelasi positif dalam
mempengaruhi kualitas daging domba. Hasil analisis imunohistokimia
menunjukkan bahwa protein CYP2E1 terdeteksi dalam sampel jaringan yang
diamati. Berdasarkan pewarnaan HE didapatkan bahwa kelompok sampel dengan
nilai pH tinggi memiliki luasan dan keliling area otot yang lebih besar
dibandingkan kelompok sampel dengan nilai pH rendah. Pengaruh genotipe pada
kualitas karkas dan potongan komersil, kualitas sifat fisik daging, dan komposisi
asam lemak berbeda pada domba murni dan domba persilangan.
Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa gen DDC dan CYP2E1 dapat
dijadikan kandidat marka yang potensial untuk melakukan seleksi domba yang
memiliki nilai kualitas daging tinggi pada domba Indonesia.
Collections
- DT - Animal Science [343]