| dc.description.abstract | Rhododendron zoelleri merupakan spesies dari subgenus vireya dan
dikelompokkan dalam famili Ericacea. Rhododendron dimanfaatkan sebagai
tanaman hias dan sebagai tanaman obat tradisional. Rhododendron diketahui
mampu menghasilkan senyawa bioaktif flavonoid dan terpenoid. Senyawa bioaktif
dari Rhododendron diduga diproduksi oleh mikrob endofit yang terdapat dalam
jaringan tanaman. Mikrob endofit dari kelompok aktinobakteri dikenal sebagai
penghasil beragam senyawa bioaktif yang memiliki berbagai macam aktivitas
biologis, sehingga informasi mengenai keragaman aktinobakteri sangat perlu
dilakukan. Keragaman aktinobakteri culturable dapat diperoleh dengan kultivasi
pada media tertentu dalam kondisi laboratorium. Namun 99% mikrob di alam tidak
dapat dikulturkan sehingga diperlukan pendekatan metagenomik untuk
mendapatkan informasi mengenai komunitas dan keragaman aktinobakteri endofit.
Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengkaji keragaman aktinobakteri
endofit culturable asal R. zoelleri melalui kultivasi, dan total komunitas
aktinobakteria endofit R. zoelleri unculturable melalui pendekatan metagenomik
dengan PCR-DGGE berdasarkan gen 16S rRNA.
Aktinobakteri endofit R. zoelleri berhasil diisolasi menggunakan media
Humic Acid Vitamin Agar (HV) berjumlah 6 isolat, tiga isolat diisolasi dari daun
dan tiga isolat diisolasi dari batang, purifikasi dilakukan pada media ISP 2
(International Streptomyses Project 2). Keenam isolat tersebut (RZP 1.3, RZP 1.1,
RZP 2.2, RZPB 1.1, RZPB 7.1, RZPB 4.1) berdasarkan karakteristik morfologi
(warna miselia substrat, miselia aerial, pigmentasi media, dan tipe penataan spora)
merupakan kelompok Streptomyces yang memiliki ciri umum membentuk miselia
aerial dan miselia substrat. Identifikasi molekuler dilakukan dengan ekstraksi DNA
genom 6 isolat aktinobakteri endofit culturable asal R. zoelleri menggunakan
Geneaid Genomic DNA Mini kit, dan dilanjutkan dengan amplifikasi gen 16S rRNA.
Total komunitas aktinobakteri unculturable dianalisis dengan mengekstraksi DNA
genom dari jaringan R. zoelleri menggunakan Geneaid Genomic DNA Mini Kit,
Plant. Gen 16S rRNA diamplifikasi dengan nested PCR menggunakan primer
spesifik aktinobakteri yang berukuran ±1087 bp dan primer universal yang
berukuran ±180 bp. Analisis komunitas aktinobakteri unculturable dilakukan
menggunakan teknik Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE).
Komunitas aktinobakteri yang ditemukan dianalisis kekerabatannya berdasarkan
gen 16S rRNA menggunakan software bioinformatika MEGA 6.
Analisis pohon filogenetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA menunjukkan
bahwa enam isolat (RZP 1.3, RZP 1.1, RZP 2.2, RZPB 1.1, RZPB 7.1, RZPB 4.1)
berkerabat dekat dengan S. djakartensis strain NBRC 15409T, S. tritolerans strain
DAS 165T, S. coelicoflavus strain NBRC 15399T dengan kemiripan 99%. Keenam
isolat memiliki kemiripan yang tinggi dengan strain pembandingnya berdasarkan
gen 16S rRNA, tetapi terdapat perbedaan morfologi antara isolat yang ditemukan
dengan strain pembandingnya, sehingga besar kemungkinan ditemukan novel
spesies melalui identifikasi dengan pendekatan polifasik taksonomi.
iii
Profil komunitas aktinobakteri endofit R. zoelleri berdasarkan gen 16S rRNA
diwakili 13 pita DGGE yang berhasil diisolasi melalui pemotongan gel. Hasil
separasi pita gen 16S rRNA dipotong dan dilakukan Re-PCR menggunakan primer
non GC clamps untuk dilanjutkan ke tahap sekuensing. Pensejajaran basa
nukleotida aktinobakteri endofit unculturable asal R. zoelleri terhadap galur
pembandingnya dari database GenBank menunjukkan hubungan kekerabatan 13
pita dengan genus Streptomyces dan Non-Streptomyces yang dikenal dengan rareaktinobakteri
yaitu genus Agromyces, Gordonia, Microbacterium,
Micromonospora, Propionibacterium, Saccharomonospora, Streptomyces yang
memiliki kemiripan berkisar 93.18%-100%.
Komunitas aktinobakteri culturable yang diperoleh dengan teknik kultivasi
menemukan isolat dari satu genus yaitu Streptomyces. Sedangkan dengan
pendekatan metagenomik dengan teknik DGGE berhasil mengidentifikasi
keduanya dari kelompok genus Streptomyces dan Non-Streptomyces yang dikenal
dengan rare-aktinobakteri. Aktinobakteri endofit R. zoelleri didominasi oleh
kelompok genus Agromyces, Gordonia, Microbacterium, Micromonospora,
Propionibacterium, Saccharomonospora, Streptomyces. Pendekatan metagenomik
dengan teknik DGGE mendapatkan lebih banyak genus aktinobakteria
dibandingkan dengan teknik kultivasi melalui media isolasi. Namun dengan
mengkombinasikan kedua pendekatan tersebut menyajikan informasi yang lebih
lengkap mengenai profil komunitas aktinobakteri endofit R. zoelleri. | id |
