Analisis Bakteri Dominan pada Berbagai Produk Susu Fermentasi dengan Menggunakan 16S rRNA Sekuensing

Abstract

Yogurt, Yakult, dan kefir merupakan produk fermentasi berbahan dasar susu, diproduksi melalui proses fermentasi oleh berbagai jenis bakteri asam laktat. Namun, selama proses fermentasi dominasi bakteri dalam produk dapat berubah. Kemungkinan bakteri pembusuk lain dapat mendominasi produk, kemungkinan ini bergantung pada berbagai faktor proses pasca produksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui bakteri dominan pada berbagai produk susu fermentasi menggunakan sekuensing 16S rRNA. Total DNA genomik langsung diekstraksi dari produk dan digunakan sebagai template untuk amplifikasi gen 16S rRNA menggunakan primer 9F dan 1541R. Amplikon diurutkan dan dianalisis menggunakan server BLAST. Sebagai data pendukung, nilai pH masing-masing produk juga diukur. Hasil menunjukan bahwa nilai pH produk ditemukan berbeda nyata (P<0,05). Analisis sekuens 16S rRNA yogurt adalah Streptococcus thermophilus strain ATCC 19258 dan pada kefir adalah Lactococcus cremoris strain NCDO 607 dan L. cremoris strain NBRC 100676. Sementara, amplikon 16S rRNA dari produk yogurt B tidak dapat diurutkan karena kualitasnya yang rendah.

Yoghurt, Yakult, and kefir are milk-based fermented products, produced through fermentation process by different types of lactic acid bacterial. Nevertheless, during fermentation process, domination of bacteria in product might changed. The possibility of other spoilage bacteria can dominate the products, this possibility depend on various factors of post-production process. This study was aimed to investigate the dominant bacteria in different fermented milk products using 16S rRNA sequencing. The total genomic DNA directly extracted from products and used as a template for 16S rRNA gene amplification using 9F and 1541R primers. The amplicon was sequenced and analyzed using BLAST server. To supporting data, pH value of each product also be measured. The results showed that pH values of products were found significanly different (P<0.05). Sequence analysis 16S rRNA revaled that yoghurt is dominated by Streptococcus thermophilus strain ATCC 19258 and for kefir is Lactococcus cremoris strain NCDO 607 and L. cremoris strain NBRC 100676. Meanwhile, 16S rRNA amplicon from yoghurt B product was unable to be sequence due to low quality.