Plasma Nutfah Kelapa Papua dan Hubungan Kekerabatannya dengan Populasi Kelapa Indonesia Lainnya dan Papua New Guinea Berdasarkan Penanda RAPD

Abstract

Keanekaragaman genetika yang tinggi dari suatu populasi tanarnan sangat bermanfaat sebagai sumber genetika potensial untuk program pemuliaan tanaman. Keanekaragaman genetika akibat migrasi, isolasi geografi, hibridisasi, mutasi, dan seleksi telah terjadi pada populasi kelapa. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keanekaragarnan genetika dan hubungan kekerabatan antara plasma nutfah kelapa Papua dan beberapa daerah lain di Indonesia dan PNG menggunakan penanda RAPD, serta mengidentifikasi pita DNA spesifik tiap populasi dan pita-pita DNA yang berperan dalam pengelompokan populasi. Total bahan tanaman yang dianalisis adalah 370 pohon kelapa, yang berasal dari 46 populasi kelapa dari Papua, beberapa daerah di Indonesia, dan PNG. DNA total dari 370 pohon kelapa diamplifikasi menggunakan 10 primer acak (dekamer) yang diseleksi dari 60 primer acak RAPD. Sebanyak 234 pita RAPD dapat diamplifikasi dalam populasi kelapa Papua dan 247 pita RAPD dalam semua populasi kelapa Indonesia dan PNG, dan 100% adalah pita DNA polimorfik. Kemiripan genetika intra-populasi dan antar-populasi kelapa Papua yang diturunkan dari koefisien keselarasan sederhana berturut-turut adalah 740/0-84% dan 57%-77%. Berdasarkan karakter morfologi, analisis Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic (UPGMA) dan Penskalaan Dimensi Ganda Ordinal tidak dapat mengelompokkan 14 populasi kelapa Papua secara tegas, namun berdasarkan karakter pita RAPD populasi-populasi tersebut dapat mengelompok berdasarkan daerah asalnya masing-masing. Populasi kelapa Biak mempunyai hubungan kekerabatan yang jauh dengan populasi kelapa Papua lainnya, sedangkan populasi kelapa Nabire, Mano kwari , dan Merauke mempunyai hubungan kekerabatan yang sangat dekat. Masing-masing populasi kelapa Papua (Sorong, Manokwari, Biak, Jayapura, dan Merauke) yang dikoleksi secara ex situ di Manokwari mengelompok terpisah dari populasi kelapa di tempat asalnya (in situ). Populasi kelapa koleksi ex situ MNK2 dan MRK1 kerniripan genetikanya lebih dekat dengan populasi kelapa asalnya (LMNK dan LMRK), dibandingkan dengan populasi kelapa ex situ MNK1 dan MRK2. Populasi kelapa Papua mempunyai hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan populasi kelapa NTB, NIT, Jawa, Sumut, Kalbar, dan Sulut, tetapi lebihjauh dengan populasi kelapa Maluku (Tidore dan Temate), Bali (DBI), dan Palu (DPU). Demikian juga, populasi kelapa Papua (Manokwari, Merauke, dan Jayapura) mempunyai hubungan kekerabatan yang sangat dekat dengan populasi kelapa PNG. Individu-individu kelapa yang merupakan kelapa tipe liar dalam populasi kelapa Papua memperkuat dugaan bailwa Indonesia merupakan daerah asal dan pusat persebaran tanaman kelapa, dan Papua adalah salah satunya. Analisis Komponen Utama (AKU) terhadap populasi kelapa Papua dapat mengidentifikasi 88 pita RAPD yang berperan daJam pengelompokkan populasi, dan terdapat satu pita RAPD yang dapat dijadikan sebagai penanda populasi kelapa dari dua daerah, yaitu pita OPA-3#2 (2 500 pb) yang hanya teramplifikasi pada populasi kelapa Jayapura dan Sorong. AKU terhadap populasi kelapa Indonesia dan PNG dapat mengidentifikasi 82 pita RAPD yang berperan dalam pengelompokan populasi, dan dijumpai satu pita RAPD yaitu OPC-5#29 (370 pb) yang hanya dimiliki oleh populasi kelapa Papua (kecuali popuJasi Sorong, Serui), Makassar (MKS), dan DPU