The Effectiveness of D-Loop Primer Design of Rusa timorensis for Population Genetic Analysis
Date
2021Author
Hutapea, Adrian Leonardo
Rianti, Puji
Rahman, Dede Aulia
Metadata
Show full item recordAbstract
Javan deer (Rusa timorensis) is an endemic species in Indonesia estimated at
less than 10.000 individuals and continuously declined due to habitat loss and
illegal animal hunting. This situation shows that Javan deer is facing a greater risk
of extinction. Hence a conservation effort is necessary to keep the sustainability of
Javan deer. This study proposes the primer design of the D-loop region to determine
the genetic population of wild Javan deer. This study used Primer3 for primer
design, BLAST for specificity, and Oligo AnalyzerTM for efficiency. The annealing
temperature optimisation started with predenaturation at 94°C. It followed with 35
cycles of denaturation at 95°C, 51-56°C annealing, and 72°C extensions. This study
has succeeded in designing a practical primer for Javan deer species with an
optimum annealing temperature is 52°C. The DNA amplified in the sample storage
with the two-step method has a higher percentage (59.13%) than ethanol 96%
(32.35%). All sequenced samples are homolog to Rusa timorensis sequence from
NCBI. Rusa jawa (Rusa timorensis) merupakan spesies endemik Indonesia yang
diperkirakan kurang dari 10.000 individu dan terus-menerus mengalami penurunan
karena hilangnya habitat dan perburuan hewan ilegal. Situasi ini mengindikasikan
bahwa Rusa jawa mengalami risiko kepunahan yang besar. Oleh karena itu, upaya
konservasi diperlukan untuk mempertahankan Rusa jawa. Penelitian ini bertujuan
untuk mendesain primer daerah D-loop untuk menentukan genetik populasi Rusa
jawa di alam. Penelitian ini menggunakan Primer3 untuk desain primer, BLAST
untuk spesifisitas, dan Oligo AnalyzerTM untuk efisiensi. Optimasi suhu
penempelan primer diawali dengan pradenaturasi 94°C. Selanjutnya diikuti dengan
35 siklus dari denaturasi 95°C, 51-56°C penempelan primer, dan 72°C
pemanjangan. Penelitian ini berhasil mendesain primer yang efektif untuk spesies
Rusa jawa dengan suhu optimum penempelan primer yaitu 52°C. Amplifikasi DNA
pada sampel yang disimpan dengan metode dua langkah memiliki persentase lebih
tinggi (59.13%) dibandingan dengan etanol 96% (32.35%). Semua sampel yang
disekuensing homolog dengan sekuen Rusa timorensis dari NCBI.
Collections
- UT - Biology [2148]