Analisis Bioinformatika untuk Mencari Spesies Bakteri yang Memiliki Kesamaan Sekuen Gen 16S rRNA dengan Bacillus aquimaris galur SH6 dari Basis Data GenBank.
View/ Open
Date
2020Author
Irwansyah, Irsan
Rusmana, Iman
Mubarik, Nisa Rachmania
Metadata
Show full item recordAbstract
Bacillus aquimaris galur SH6 merupakan salah satu bakteri penghasil
endospora yang dapat menghasilkan karotenoid berpigmen jingga. Analisis
bioinformatika dilakukan sebagai langkah awal untuk mencari spesies yang
memiliki tingkat kesamaan sekuen gen 16S rRNA yang tinggi dengan B.aquimaris
galur SH6. Penelitian ini bertujuan mendapatkan dan menganalisis spesies yang
memiliki kesamaan gen 16S rRNA yang tinggi dengan B. aquimaris galur SH6
secara bioinformatika. Sekuen gen 16S rRNA B. aquimaris galur SH6 didapatkan
dari basis data GenBank. Sekuen tersebut dimasukkan ke dalam aplikasi nucleotide
BLAST dari NCBI untuk melihat homologi dengan spesies terdekat. Sebanyak 12
sekuen hasil BLAST diambil. Perbedaan genom sekuen dihitung menggunakan
aplikasi Genome-to-Genome Distance Calculator (GGDC) DSMZ. Hasil
perhitungan diubah menjadi data berbentuk tabel. Setiap sekuen dibandingkan
dengan teknik Frequency of Chaos Game Representation (FCGR) pada laman
BIOPHP FCGR. Selain itu, kandungan GC setiap sekuen juga ditentukan
menggunakan alat GC plotting pada laman ENDMEMO. Semua sekuen dilakukan
pensejajaran dan analisis filogenetik dengan program MEGA X. Berdasarkan data
hasil analisis sekuen 16S rRNA dengan GGDC, FCGR, GC Content Plotting, dan
kontruksi pohon filogenetik, didapatkan beberapa sekuen bakteri yang paling
berhubungan dekat dengan B. aquimaris galur SH6, di antaranya Bacillus
aquimaris galur TF-12, Bacillus marisflavi galur TF-11, dan Bacillus haikouensis
galur C-89.
Collections
- UT - Biology [2145]