dc.description.abstract | Precision medicine adalah suatu bidang medis yang bertujuan untuk
memberikan perawatan penyakit sesuai dengan profil genetik, lingkungan, dan gaya
hidup seseorang. Pengembangan precision medicine berfokus kepada penyakit
umum dan kompleks seperti diabetes mellitus tipe 2 (T2DM). Informasi genetik
pasien T2DM dapat diperoleh dengan mencari asosiasi antara Single Nucleotide
Polymorphism (SNP) dan fenotipe penyakit T2DM. Penelitian ini bertujuan
mencari SNP yang dianggap berasosiasi dengan fenotipe T2DM menggunakan
algoritme gradient boosting (GB). Data diambil dari situs Mouse Phenome
Database sesuai dengan 98 kandidat protein T2DM. Tahap praproses dilakukan
dengan menghapus fitur dan missing values, melakukan pengkodean SNP dan
menggabungkan data fenotipe dan SNP. Pembangunan model GB menggunakan
base-learners decision tree dan loss function kuadrat terkecil. Model GB
menghasilkan rataan nilai MSE sebesar 0.061 dan MAE sebesar 0.171 serta
menghasilkan 30 SNP yang berpotensial memiliki asosiasi dengan fenotipe
toleransi insulin pada T2DM. Dua puluh dua dari 30 SNP terpilih terverifikasi
memiliki asosiasi dengan fenotipe T2DM pada situs Mouse Genome Informatics
melalui hubungan SNP-protein-fenotipe. | id |