Implementasi Algoritme Dynamic Time Warping Paralel untuk Menghitung Similaritas Protein Menggunakan CUDA.
View/Open
Date
2020Author
Ramadhan, Saeful
Rahmawan, Hendra
Kusuma, Wisnu Ananta
Metadata
Show full item recordAbstract
Perhitungan similaritas protein menjadi salah satu hal penting dalam
melakukan penelitian genom. Dengan berkembangnya data sekuens protein secara
eksponensial, waktu komputasi menjadi salah satu faktor penting dalam proses
pengolahan data. Riset pada ranah Bioinformatika menjadi salah satu bidang yang
aktif dalam penggunaan Graphical Processing Unit (GPU) untuk pemrosesan
secara paralel. Adapun pada penelitian kali ini akan dilakukan implementasi paralel
dari algoritme Dynamic Time Warping (DTW) dengan menggunakan CUDA.
Tujuan dari implementasi paralel terhadap algoritme DTW adalah untuk mereduksi
waktu eksekusi yang dihasilkan dari proses perhitungan similaritas antar protein,
karena algoritme DTW memiliki kompleksitas yang sangat tinggi yaitu O(N * M).
Nilai speed-up menjadi metrik evaluasi untuk membandingkan performa GPU jika
dibandingkan dengan CPU (sekuensial). Penelitian ini menghasilkan speed-up 13
kali jika dibandingkan dengan CPU. Penggunaan dual GPU menambahkan speedup
sebesar 20 kali lebih cepat jika dibandingkan dengan menggunakan CPU.
Collections
- UT - Computer Science [2336]