Deteksi Spesies Mamalia Menggunakan DNA Lingkungan dari Kubangan Garam Alami Adudu, Suaka Margasatwa Nantu, Gorontalo, Sulawesi.

Abstract

Deteksi keberadaan spesies mamalia merupakan langkah penting dalam penilaian keanekaragaman hayati dan pengelolaan populasi satwaliar di habitat alami. Sejumlah penelitian terdahulu menunjukkan keberhasilan pendekatan metabarkoding eDNA dalam mendeteksi keberadaan spesies-spesies mamalia. Sebagian mamalia terestrial diketahui memanfaatkan kubangan garam alami sebagai sumber mineral di dalam diet dan meninggalkan material genetik yang dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan spesies mamalia. Penelitian ini bertujuan untuk menguji dan mengevaluasi keandalan metode metabarcoding eDNA menggunakan primer MiMammals dari penanda 12S rRNA dalam mendeteksi spesies mamalia endemik Sulawesi dari sampel air kubangan garam alami Adudu. Penelitian ini dilakukan di kubangan garam alami Adudu, Suaka Margasatwa Nantu, Gorontalo, Indonesia. Kerja lapangan dilakukan pada pertengahan September 2017. Prosedur metabarkoding eDNA telah dilakukan untuk mendeteksi keberadaan mamalia dari kubangan garam alami ini. Sampel air dari kubangan garam alami tersebut difilter dan kemudian DNA lingkungan diekstraksi menggunakan DNeasy Blood and Tissue kit. Kemudian pustaka amplikon disusun melalui amplifikasi PCR dan sekuensing menggunakan platform MiSeq Illumina. Pengolahan data sekuen dan penentuan taksonomi dilakukan menggunakan dua platform bioinformatika, PipeCraft-1.0 dan OBITools-1.2.13. Tiga sampel DNA berhasil diekstraksi dan digunakan untuk penyusunan pustaka amplikon. Proses penyaringan kualitas dan penggabungan R1 dan R2 menghasilkan 131.275 urutan basa dengan panjang minimum 161 pb, panjang maksimum 252 pb, dan panjang rata-rata 232 pb. Pemrosesan reads menghasilkan urutan basa yang akan dikelompokkan untuk menyusun tabel OTU, penentuan taksonomi mencari urutan basa yang sangat mirip di dalam database referensi untuk menentukan identitas mamalia Sulawesi hingga tingkat spesies. Dua spesies mamalia Sulawesi berhasil dideteksi, yaitu anoa dataran rendah (Bubalus depressicornis) dan babirusa (Babyrousa babyrussa). Reads yang teridentifikasi sebagai babirusa Buru (Babyrousa Babyrussa, Linnaeus, 1758) kemungkinan besar adalah false-positive, karena lokasi studi tidak termasuk ke dalam range distribusi alami dari spesies ini. Kemungkinan urutan basa tersebut seharusnya teridentifikasi sebagai babirusa Sulawesi Utara (Babyrousa celebensis, Deninger, 1910). Keakuratan identifikasi spesies mamalia menggunakan metabarcoding eDNA dipengaruhi oleh prosedur metabarkoding eDNA, ketersediaan database referensi, dan perilaku mamalia.