| dc.description.abstract | Identifikasi Nematoda Puru Akar (NPA) di Indonesia saat ini hanya
didasarkan pada karakter morfologis. Identifikasi nematoda berdasarkan karakter
morfologis membutuhkan akurasi tinggi dan perlu didukung oleh hasil identifikasi
molekuler menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Oleh karena
itu perlu dikembangkan metode identifikasi menggunakan karakter molekuler
yang berasal dari gen sitokrom oksidase 1 (CO1). Penelitian ini bertujuan untuk
mengidentifikasi NPA yang terkait dengan tanaman bit berdasarkan gen CO1
Meloidogyne. Sampel bit diperoleh dari lahan pertanian yang terletak di
Kecamatan Cipanas, Kabupaten Cianjur. Pengambilan sampel dilakukan dengan
metode purposive sampling. Identifikasi molekuler dengan PCR termasuk
ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis DNA, dan analisis sekuens nukleotida dan
asam amino. Analisis sekuensing dilakukan dengan BLAST, ClustalW, DNA
baser assembler dan Mega v.7.0. Amplifikasi DNA dilakukan dengan
menggunakan primer spesifik CO1SIF (5-'GCCTGCATTTGGTTAG-3 ') dan
CO1SIR (5’-TCAAACCAGTCCT-3’), CO1SAF (5’-GGGTACTGGATGAACA
TTA-3’) dan CO1SAR (5’-ACTTCAGGATGACCAAA-3’). Amplifikasi DNA
menghasilkan fragmen M. arenaria 360 bp dan fragmen M.incognita 326 bp.
Homologi nukleotida dan asam amino M. arenaria Indonesia menunjukkan 100%
dengan isolat AS, Jerman, Vietnam dan 73,4% dengan outgroup H.glycines
(homologi nukleotida), 75,3% (homologi asam amino). Homologi nukleotida dan
asam amino M. incognita Indonesia menunjukkan 100% dengan Jerman, Inggris,
Afrika Selatan, dan, Vietnam. Homologi 99,8% dengan isolat AS. Homologi asam
amino menunjukkan 99% dengan Jerman, Inggris, Afrika Selatan, Vietnam, dan
AS, dengan outgroup H.glycines (homologi nukleotida 74%, asam amino 73,9%). | id |
