| dc.description.abstract | Kelapa (Cocos nucifera L.) merupakan tanaman tahunan yang dikenal dengan
sebutan “tree of life” karena seluruh bagian kelapa memberikan manfaat untuk
manusia memenuhi memenuhi kebutuhan ekonomi, sosial, dan budaya seperti
sebagai sumber makanan, minuman, kerajinan, bahan bangunan dan obat-obatan.
Secara historis, pada tahun 1940 secara tidak sengaja seorang petani Bosu Labaka
menemukan kelapa yang mengapung di laut dan ditanam di halaman rumah
tepatnya di Desa Bido Pulau Morotai, kemudian benih Kelapa Bido
dibudidayakan. Pada tahun 2017 Kelapa Bido dilepas oleh Balit Palma sebagai
varietas unggul baru (VUB). Keunggulan Kelapa Bido dari pada kelapa lokal
lainnya antara lain berbatang pendek seperti jenis kelapa genjah yaitu 1 meter
pada usia 2-3 tahun, sudah berbuah dan 9 meter dengan usia 60 tahun, produksi
buah tinggi seperti kelapa dalam yaitu sekitar 133 butir/pohon atau 16.395
butir/ha/tahun, potensi kopra lebih dari 4 ton/ha/tahun dan kadar minyak 58,34%.
Keunikan dari Kelapa Bido ini adalah memiliki mahkota daun berbentuk roset dan
memiliki jarak berkas daun lebih pendek dari kelapa genjah yaitu sekitar 4-5 cm.
Pada kenyataannya, kelapa tersebut memiliki karakter secara morfologi yang
berbeda dengan kelapa lokal pada umumnya (jenis genjah dan dalam).
Dalam kegiatan pemuliaan tanaman, identitas suatu sumber genetik penting
untuk diketahui. Tanaman kelapa membutuhkan waktu yang lama untuk
mengkarakterisasi secara morfologi yang dapat digunakan dalam kegiatan seleksi
dan evaluasi hasil persilangan. Pendekatan bioteknologi melalui pengembangan
marka molekuler diperlukan untuk membantu mempercepat program pemuliaan
salah satu caranya adalah dengan marka molekuler. Marka molekuler yang dapat
digunakan salah satunya adalah dengan menggunakan marka SNAP berbasis gen
inti WRKY, SUS, SACPD, α-D Galactosidase dan genom kloroplas.
Penelitian ini terdiri dari dua percobaan. Pada percobaan pertama memiliki
tujuan untuk menganalisa keragaman genetik Kelapa Bido, Kelapa Lokal Morotai
dan Kelapa Unggul Indonesia menggunakan lokus WRKY, SUS, SACPD dan α-D
Galactosidase. Hasil analisis menggunakan cervus lokus SNAP tersebut
menyatakan bahwa rata-rata jumlah alel (Na), heterozigositas pengamatan,
heterozigositas harapan dan nilai PIC berturut-turut adalah 2, 0.65, 0.47 dan 0.37.
Hasil analisis polimorfisme menyatakan bahwa ada sebelas lokus yang dapat
digunakan karena cukup informatif. Aksesi-aksesi Kelapa Bido, Kelapa Lokal
Morotai dan Kelapa Unggul Indonesia terbagi menjadi tiga grup menggunakan
metode Neighbour Joining dengan piranti lunak DARwin. Sejalan dengan hal
tersebut, pada struktur genetik populasi menggunakan piranti lunak STRUCTURE
juga membagi semua aksesi kelapa dalam 3 populasi yang mana ad hoc
maksimum ΔK diperoleh pada K=3.
Percobaan selanjutnya adalah pengembangan marka berdasarkan genom
kloroplas. Genom kloroplas merupakan penanda yang efisien untuk mempelajari
evolusi dan sejarah populasi tanaman melalui filogenetik karena bersifat sangat
konservatif, diwariskan secara maternal, memiliki ukuran yang lebih kecil
dibandingkan dengan genom inti tujuan dari penelitian ini adalah pengembangan
primer berdasarkan genom kloroplas berbasis situ SNP dan indels. Berdasarkan
sembilan sekuens genom kloroplas pada tanaman palma, telah berhasil didisain 10
primer berdasarkan situs SNP dan 5 primer berdasarkan situs insersi delesi. Hasil
validasi primer tersebut menggunakan DNA kelapa Indonesia didapatkan hasil
bahwa 10 primer SNP berhasil teramplifikasi sedangkan indels hanya 2 primer
berbasis PCR. | id |
