| dc.description.abstract | Trips (Ordo Thysanoptera) terdiri dari dua subordo, yaitu Terebrantia dan Tubulifera. Trips anggota subordo Terebrantia telah banyak diketahui menjadi hama pada tanaman budidaya, namun trips subordo Tubulifera lebih sedikit diketahui jenis dan statusnya. Metode identifikasi spesies trips yang sering digunakan adalah dengan karakter morfologi dan karakter molekuler. Penggunaan karakter morfologi relatif lebih mudah dan memerlukan alat yang lebih sederhana dibandingkan dengan karakter molekuler. Karakter molekuler seperti sekuens DNA Cytochrome Oxidase I mitokondria (mtCOI), merupakan karakter genetik yang dapat digunakan untuk identifikasi spesies atau konfirmasi hasil identifikasi dengan karakter morfologi. Karakter molekuler juga sering digunakan untuk mempelajari kekerabatan serangga.
Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari karakter molekuler beberapa spesies trips subordo Terebrantia yang menjadi hama tanaman dan mengidentifikasi spesies trips subordo Tubulifera yang ditemukan pada tanaman beringin (Ficus benjamina/ Moraceae), pala (Myristica fragrans/Myristicaceae), dan seruni laut (Wedelia biflora/Asteraceae). Pengambilan sampel dilakukan di Kabupaten Bandung, Bogor, Cianjur, Cirebon, dan Kuningan. Pengambilan sampel dilakukan langsung pada tanaman yang bergejala akibat serangan trips. Identifikasi menggunakan karakter morfologi dilakukan di Laboratorium Biosistematika Serangga, sedangkan identifikasi menggunakan karakter molekuler dilakukan di Laboratorium Virologi Departemen Proteksi Tanaman Institut Pertanian Bogor. Tahapan identifikasi karakter morfologi terdiri atas pembuatan preparat mikroskop dan pengamatan karakter eksternal seperti ruas antena, venasi sayap, tergit abdomen, dan seta oseli. Identifikasi dengan karakter molekuler terdiri dari ekstraksi DNA dengan metode CTAB, amplifikasi, sekuensing, dan analisis DNA. Analisis DNA dilakukan berdasarkan homologi sekuen DNA, analisis jarak genetik, dan filogeni.
Hasil penelitian menunjukkan terdapat lima trips subordo Terebrantia yang ditemukan banyak menyerang tanaman hortikultura diantaranya: Ceratothripoides brunneus, Megalurothrips usitatus, Thrips alliorum, T. hawaiiensis,dan T. parvispinus. Karakter molekuler berupa sekuens DNA mtCOI spesies tersebut berturut-turut adalah: 693, 692, 678, 690, dan 668 pb (pasang basa). Nilai jarak genetik nukleotida antar spesies sekitar 0.00-0.401, dan jarak genetik asam amino antar spesies sebesar 0.00-0.268. Hasil identifikasi secara morfologi spesies trips subordo Tubulifera pada tanaman beringin adalah Gynaikothrips uzeli, pada tanaman pala adalah Pseudophilothrips ichini, dan pada tanaman seruni laut adalah Haplothrips ganglbaueri. Sekuens DNA mtCOI berturut-turut sebesar 704, 702, dan 686 pb. Nilai jarak genetik sekuens nukleotida antar spesies berkisar 0.089-0.355, sedangkan nilai jarak genetik sekuens asam amino sebesar 0.62-0.303. Selain itu, jarak genetik berdasarkan sekuens nukleotida asam amino antar subordo tersebut berkisar antara 0.462-0.85,
v
sedangkan jarak genetik berdasarkan sekuens asam amino antar subordo sebesar 0.230-0.653.
Jarak genetik yang dihasilkan diilustrasikan melalui pohon filogeni. Filogeni berdasarkan karakter morfologi, sekuens nukleotida, dan sekuens asam amino DNA mtCOI menunjukkan spesies-spesies dari kedua subordo terpisah. Penelitian ini menunjukkan bahwa identifikasi dengan karakter molekuler menggunakan sekuens DNA mtCOI mengkonfirmasi dan mendukung hasil identifikasi dengan karakter morfologi. | id |
