| dc.description.abstract | Macaca fascicularis di Pulau Tinjil dikembangbiakan sebagai hewan
model pada penelitian biomedis dan bioteknologi. Perbedaan komposisi genetik
dan asal populasi dari hewan model dapat mempengaruhi hasil penelitian. Oleh
karena itu, analisis komposisi dan keragaman genetik dari M. fascicularis penting
untuk pemilihan secara efisien individu yang akan digunakan, konservasi sumber
genetik, dan monitoring keragaman genetik dalam fasilitas penangkaran.
Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman genetik berdasarkan daerah Dloop
DNA mitokondria dan mengonfirmasi asal usul indukan. Sebanyak 15
sampel darah utuh M. fascicularis diekstraksi dengan QIAmp DNA Blood Mini Kit.
Daerah D-loop mt-DNA diamplifikasi dengan primer LqqF (forward) dan Saru5
(reverse). Amplikon sebesar 1200 pb ditentukan runutan basanya dengan teknik
sekuensing. Data hasil contig sekuen D-loop disejajarkan dengan program
MAFFT UGENE. Keragaman genetik dianalisis dengan perangkat lunak DNAsp
v6.11. Rekonstruksi pohon filogenetik dibentuk berdasarkan metode neighbour
joining menggunakan MEGA X. Panjang sekuen daerah D-loop yang dianalisis
yaitu 921-923 pb dengan 93 situs polimorfik dan empat situs indel. Empat belas
haplotipe dihasilkan dari 15 individu. Keragaman nukleotida pada daerah D-loop
parsial sebesar 0.029 dan keragaman genetik (h) sebesar 0.990. Hasil rekonstruksi
pohon filogenetik menunjukan indukan betina pada populasi Tinjil berasal dari
dua lokasi, yakni Sumatera selatan dan Jawa. | id |
